在多年的臨床實踐中，秦伯未積累了豐富的臨床經(jīng)驗。他以其精湛的醫(yī)術(shù)，使無數(shù)患者擺脫了疾病的痛苦，為醫(yī)界同仁及廣大患者所稱道，如臨床上常見的濕溫發(fā)熱證，他認為其合理治法，應(yīng)在清化的基礎(chǔ)上佐以宣透，而宣透藥中又以豆卷為佳。它能透發(fā)中焦陳腐之氣從表外泄，而不同于宣肺發(fā)汗。同時也常提醒醫(yī)者：應(yīng)注意欲速不達，可觀察濕與熱孰輕孰重，適當加減，穩(wěn)步前進。所以他在臨床上遇到濕溫發(fā)熱證等，每每都要加入豆卷一藥。再如，他自制的用于治療白瘖的“氤氳湯”，就是以豆卷為君藥。他在臨床上治療木郁證候時，又詳辨土壅木郁與木不疏土，而在用藥方面各有不同。針對前者，他常用蘇葉代之于柴胡，取其既能舒肝郁，又能和脾胃，脾胃健運則肝氣自暢，而不需如后者用柴胡疏肝理氣，直接治肝，在臨床上屢見效驗。他認為：寒邪傷肝，當用溫劑辛散；肝陽不足，當以溫養(yǎng)助長生氣升發(fā)。因此他在肝病中用溫法，不論是逐寒和回陽，都不用附子、干姜，而用桂枝、細辛、吳萸、川椒，尤其虛證多用肉桂，因其入肝走血分，能鼓舞血氣生長。
秦伯未于1953年和1960年曾先后赴蘇聯(lián)、蒙古兩國會診、講學(xué)。后又與中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院協(xié)和醫(yī)院及皮膚性病研究所合作，用中西醫(yī)結(jié)合治療白血病及脊髓癆等疑難病癥獲得良效。除此之外，常應(yīng)全國各地之邀，參加會診、講學(xué)及各種學(xué)術(shù)活動，足跡遍及大江南北、長城內(nèi)外。
秦伯未雖有豐富的臨床效驗，但時刻都不放松臨床實踐。他在奉調(diào)到衛(wèi)生部工作一段時間后，為了能更加接近臨床、搞好臨床工作，主動從衛(wèi)生部宿舍區(qū)搬出，舉家遷居到北京中醫(yī)學(xué)院附屬東直門醫(yī)院內(nèi)。在醫(yī)院工作期間，于帶教同時承擔著大量的臨床工作，每周中兩個半天在高干門診應(yīng)診，一個半天在東直門醫(yī)院病房查房，一個半天去北查房；此外，還有大量的醫(yī)院外會診，所有這些，無疑大大豐富了他的臨床經(jīng)驗。
盡管當時秦伯未已是著名的中醫(yī)專家，但他始終保持著良好的醫(yī)家風(fēng)范，無論是外賓、僑胞，還是領(lǐng)導(dǎo)、群眾有病，總是隨請隨到，一視同仁，一絲不茍。在每次會診以后，總是將病人念記在心，主動打聽治療情況，甚至隨訪問候，對患者認真負責(zé)，真切關(guān)懷。
秦伯未在研習(xí)中醫(yī)過程中深切感到，中醫(yī)醫(yī)籍浩若煙海，流派眾多，傳統(tǒng)學(xué)醫(yī)，師承面授，各承家技，雖有所長，總難免局限。而開校辦學(xué)，則可集思廣益，兼收博覽，是發(fā)展中醫(yī)學(xué)術(shù)、加速培養(yǎng)人才的好途徑。隨致力于醫(yī)教育工作。在教學(xué)實踐和指導(dǎo)臨床實習(xí)的同時，組織編寫了各種適合當時實用的中醫(yī)教材，編輯出版醫(yī)籍精華，并創(chuàng)辦了中醫(yī)學(xué)社等。1928年與杭州王一仁、蘇州王慎軒等創(chuàng)辦“上海中國醫(yī)學(xué)院”，親自編著多種講義，并授課及指導(dǎo)實習(xí)。當時編印出版的《國醫(yī)講義》（6種）、《實用中醫(yī)學(xué)》（12種），大都是秦伯未通過中醫(yī)教學(xué)實踐反復(fù)修訂的教案，切合臨床實際，至今仍具有重要的參考價值。
中醫(yī)學(xué)術(shù)是千百年來人們與疾病斗爭的實踐總結(jié)，扎根于群眾中。社會上熱愛中醫(yī)、學(xué)習(xí)中醫(yī)、從事中醫(yī)者人數(shù)眾多，但限于歷史條件，中華人民共和國建立前中醫(yī)學(xué)校很少，能入校系統(tǒng)學(xué)習(xí)者更少。有感于此，秦伯未于1930年又創(chuàng)辦“中醫(yī)指導(dǎo)社”，為社會上的中醫(yī)人員和愛好者學(xué)習(xí)中醫(yī)提供指導(dǎo)。該社面向全國及海外僑胞，社員先后達千余人。該社編印各種書籍和刊物以傳授中醫(yī)知識，交流學(xué)術(shù)見解及臨床經(jīng)驗，解答有關(guān)問題等。主要內(nèi)容有：《中醫(yī)基本學(xué)說》、《群經(jīng)大旨（內(nèi)經(jīng)、金匱、傷寒論）》、《各種研究法》、《病理講座》等。這種辦學(xué)形式實為中醫(yī)函授、刊授教育之先河。
中華人民共和國建立后，秦伯未便以極大的熱情投入中醫(yī)教育事業(yè)。1954年奉調(diào)任衛(wèi)生部中醫(yī)顧問。1955年，在中醫(yī)研究院舉辦的全國第一屆西學(xué)中班執(zhí)教，為國家培養(yǎng)了首批高級中西醫(yī)結(jié)合人才。1959年以后，一直在北京中醫(yī)學(xué)院從事醫(yī)學(xué)教研工作，他講課深入淺出，旁征博引，講理透徹，條理清晰，深得學(xué)生們的好評。他對于門下第子也采取上大課、布置作業(yè)、寫醫(yī)論、隨師臨診、整理醫(yī)案、總結(jié)病例等多種方法，使理論與實踐密切結(jié)合，同時提高了業(yè)務(wù)與寫作水平。秦伯未先后參加了1960年、1962年全國高等中醫(yī)院校系列教材第一、二版的編審工作，為總編審之一。
1919年，秦伯未就讀于丁甘仁創(chuàng)辦的上海中醫(yī)專門學(xué)校，為該校第3期學(xué)員，與程門雪、章次公等諸賢為同窗學(xué)友。當時，江浙滬名醫(yī)曹穎甫、謝利恒、夏應(yīng)堂、丁仲英咸集任教，秦伯未經(jīng)常聆聽名醫(yī)教誨，共同切蹉岐黃妙術(shù)。他勤奮好學(xué)，砥礪自強，奠定了堅實的中醫(yī)理論基礎(chǔ)。及至1923 年畢業(yè)時，已蜚聲醫(yī)林，應(yīng)聘為母校講師。他刻苦鉆研，勤于著書立說，幾十年如一日，每晨6時許起床，即伏案寫作，對其學(xué)術(shù)專著進行不斷的充實加工；并將前一天臨診體驗及閱覽心得，寫成短文或醫(yī)話。他業(yè)醫(yī)50余年，論著60余部，論文數(shù)百篇。主要著作有《清代名醫(yī)醫(yī)案精華》、《清代名醫(yī)醫(yī)話精華》、《內(nèi)經(jīng)知要淺解》、《內(nèi)經(jīng)類證》、《秦氏內(nèi)經(jīng)學(xué)》、《謙齋醫(yī)學(xué)講稿》等，這些著作大多幾次再版，深受讀者喜愛。它既繼承前人余緒，又發(fā)掘古義，昭示后人；既有獨出之理論見解，又有實踐心得，為豐富中醫(yī)學(xué)術(shù)寶庫作出了貢獻。
重視對《內(nèi)經(jīng)》的研究 秦伯未在中醫(yī)領(lǐng)域內(nèi)博覽群書，尤其重視對《內(nèi)經(jīng)》的鉆研，享有“秦內(nèi)經(jīng)”之美稱。他認為，《內(nèi)經(jīng)》總結(jié)了前人的實踐經(jīng)驗，同時也表達了古代的醫(yī)學(xué)思想體系，成為祖國醫(yī)學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)，研究祖國醫(yī)學(xué)先要學(xué)習(xí)《內(nèi)經(jīng)》，然后可以順流而下地貫徹到其他醫(yī)書，不如此，便像失掉了鑰匙，無法打開中醫(yī)寶庫的大門。他先后撰寫了多種有關(guān)《內(nèi)經(jīng)》的專著，計有《秦氏內(nèi)經(jīng)學(xué)》、《讀內(nèi)經(jīng)記》、《內(nèi)經(jīng)病機十幾條之研究》、《內(nèi)經(jīng)知要淺解》、《內(nèi)經(jīng)類證》、《素靈輯粹》，對《內(nèi)經(jīng)》進行了深入細致的分析、歸納、整理、研究工作。
在臨床數(shù)學(xué)和實踐中，秦伯未廣泛應(yīng)用《內(nèi)經(jīng)》理論作指導(dǎo)。例如，講“水腫”病的治療時，他把《內(nèi)經(jīng)》中散見于各篇的有關(guān)水腫的論述加以分析，聯(lián)系《金匱要略》、《外臺秘要》等文獻，結(jié)合他自己的臨床體會，總結(jié)了治療水腫病的6個基本法則，即發(fā)汗、利尿、燥濕、溫化、逐水、理氣，并列舉了代表方劑及兼證變化的應(yīng)變原則。這些有關(guān)“水腫病”的理、法、方、藥用之于臨床，取得了較好的療效。
強調(diào)辨證論治 “辨證論治”是中醫(yī)基本理論之一，而在60年代初期，中醫(yī)界出現(xiàn)了忽視中醫(yī)基礎(chǔ)理論，強調(diào)單方驗方，或單純依據(jù)西醫(yī)診斷、化驗指標進行用藥，而不加以辨證分析的傾向。針對這種情況，秦伯未在《謙齋醫(yī)學(xué)講稿》一書中專辟“淺談辨證論治”一節(jié)予以論述，認為“辨證論治是中醫(yī)的診療規(guī)律，從認識證候到給予適當治療，包含著完整的極其豐富的知識和經(jīng)驗”。又說：“辨證論治所以成為中醫(yī)的診療規(guī)律，就在于理論與實踐的結(jié)合……。辨證論治是中醫(yī)處理疾病的程序和方法，是依據(jù)臨床表現(xiàn)，通過四診、八綱作出診斷和治療的過程，所以辨證論治和診斷不可分割，根據(jù)不同的發(fā)病過程，隨時辨隨時論，不是經(jīng)過一次辨論就不須再辨論，這是中醫(yī)治病的精神”。在強調(diào)辨證論治的同時，秦伯未也不否定一病的主治法、主方和主藥。他認為，這也是治病的一個基本法則，臨床上可在此基礎(chǔ)上，根據(jù)具體病情加減出入，靈活運用，也能收到良好效果。他在治療頭痛證時，就是按辨證分為外感和內(nèi)傷。外感頭痛又分風(fēng)寒、風(fēng)熱、濕邪三種頭痛；內(nèi)傷頭痛則分為氣虛、血虛、痰濁、肝火、寒厥、痰濁6種頭痛。對潰瘍病，他則認為多屬中焦虛寒證，選擇“黃芪建中湯”為主方加減治療，均獲良效。
秦伯未在溫病、肝病、水腫病、腹瀉、痛證、潰瘍病、慢性傳染性肝炎、心絞痛等方面的理論造詣很深，富有新意，同時也積累了豐富的臨床經(jīng)驗，并總結(jié)歸納出證治規(guī)律。例如在溫病方面，他提出了溫病當以風(fēng)溫為綱的觀點，并根據(jù)個人臨床體會分為惡風(fēng)、化熱、入營、傷陰4個時期，提出了溫病的12個治法。他還強調(diào)寒溫統(tǒng)一，認為溫病是傷寒的發(fā)展，傷寒和溫病并無分歧，若將兩者對立起來，是偏見，是完全沒有意義的。在肝病方面，提出了“肝氣和肝郁”、“肝火和肝熱”、“肝風(fēng)和肝陽”等幾個重要概念的區(qū)別。他認為，“肝氣”是指肝臟的作用太強及其產(chǎn)生的病證，其性橫逆；而“肝郁”是指肝臟氣血不能條達舒暢的病證，其性消沉；前者疏泄太過，后者疏泄不及，因此在治療用藥方面就有出入。
強調(diào)繼承與發(fā)揚并舉 秦伯未認為，中醫(yī)在長期同疾病斗爭中，對于很多疾病都有深入的認識和豐富的治療經(jīng)驗，并且作出了初步總結(jié)，應(yīng)該很好地繼承。沒有繼承就沒有發(fā)展，好比空中樓閣，海市蜃樓，終成幻影而已。然秦伯未所謂的繼承并不是一味地照搬前人的經(jīng)驗，而是批判的接受，是有創(chuàng)新的繼承。他常通過理論聯(lián)系實際，用古人豐富的經(jīng)驗知識指導(dǎo)臨床，去蕪存精，提綱挈領(lǐng)，綜合分析歸納成為一整套更為準確、更為完整的理論。他在“腹瀉的臨床研究”（《謙齋醫(yī)學(xué)講稿》）一文中，就是根據(jù)《內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》、《諸病源候論》、《醫(yī)宗必讀》等古代文獻關(guān)于腹瀉的病因、病名、治則的記載，提出以暴瀉、久瀉為綱，以虛實兩類來辨證施治的規(guī)律，虛證于內(nèi)傷，淺者在脾，深者及腎；實證屬于病邪，以濕為主，結(jié)合寒邪和熱邪以及食滯等，采用化濕、分利、疏散、泄熱、消導(dǎo)、調(diào)氣等多種瀉法，和健脾、溫腎、益氣、升提、固澀等多種補法。秦伯未在臨床實踐中，運用這些理論，治愈了眾多的難治性腹瀉患者。例如，許某患腹瀉，反復(fù)發(fā)作，發(fā)作時非服合霉素不能止。來診時癥見：腸鳴腹痛，大便溏，伴口苦口臭，口干不欲飲，尿黃，苔白膩，脈滑數(shù)。當時秦伯未診斷為脾胃薄弱，濕熱內(nèi)阻，清濁升降失司。并認為病雖久，但治療不在止瀉而在清理，濕熱一除，則腸胃自復(fù)，用葛根芩連湯加減。二劑后大便成形，腹痛腸鳴消失。秦伯未非常善于總結(jié)前人的經(jīng)驗，尤其重視醫(yī)案醫(yī)話的作用。早在1928年編寫的《清代名醫(yī)醫(yī)案精華》中，他就指出：“醫(yī)案為中醫(yī)價值之真實憑據(jù)?！薄搬t(yī)案是中醫(yī)的特點，實事求是，生動活潑，最適用于中醫(yī)同道間的觀摩，實有廣泛征集和及時發(fā)表的必要。它是根據(jù)臨床具體事實作出總結(jié)，有理論，有法則，而這些理論和法則又都有一定的根據(jù)，因而具有指導(dǎo)性和啟發(fā)性……多看各家醫(yī)案作為借鏡，也可取長補短，增加智慧，不斷提高業(yè)務(wù)水平”。秦伯未在臨床實踐中就非常重視積累和整理病案，為后人留下了一筆寶貴的遺產(chǎn)。
強調(diào)正確認識中西醫(yī)結(jié)合 秦伯未在學(xué)術(shù)上善于學(xué)習(xí)。他認為西醫(yī)的診斷有時可助于對某些疾病的性質(zhì)、發(fā)展和轉(zhuǎn)歸的認識。因此他在臨床實踐中，多參考西醫(yī)的診斷，而以中醫(yī)理論為指導(dǎo)進行辨證論治，充分發(fā)揮中醫(yī)特色，常收到很好的療效。但同時他又主張西醫(yī)診斷只是僅供參考，而不能受其束縛，要有信心和勇氣使用中醫(yī)的理法方藥去治療，不宜失去中醫(yī)之根本。他每診治一種疾病，總是根據(jù)不同年齡、體質(zhì)、臨床表現(xiàn)及發(fā)病經(jīng)過，運用中醫(yī)理論進行詳細分析，然后確定治則、治法和選方用藥，最后總結(jié)經(jīng)驗教訓(xùn)。通過實踐，他進一步體會到，中醫(yī)治療西醫(yī)診斷的疾病，要想取得療效，關(guān)鍵在于必須運用中醫(yī)的理論為指導(dǎo)，細致觀察，不能忽視中醫(yī)辨證的依據(jù)，并要有嚴肅的科學(xué)態(tài)度。他的這些認識，至今仍具有指導(dǎo)意義。例如，他在治療西醫(yī)診斷的神經(jīng)衰弱疾患中，就是根據(jù)中醫(yī)理論來分析其臨床表現(xiàn)，而總結(jié)出其發(fā)病機制主要在肝、病性有虛有實，也有虛實夾雜，確定了14種基本治法。
秦伯未一生為中醫(yī)事業(yè)的發(fā)展，勤勤懇懇，嘔心瀝血。曾任衛(wèi)生部中醫(yī)顧問，中華醫(yī)學(xué)會副會長，國家科委中醫(yī)藥組成員，藥典編輯委員會委員，第二、三、四屆全國政協(xié)委員。為國家和人民作了大量工作，受到群眾的尊敬和贊揚。
