科研工作這個領(lǐng)域雖然開放性比較好，但是十幾年科研經(jīng)歷總結(jié)下來的經(jīng)驗和套路多數(shù)人是不愿意分享的，因為教會徒弟，餓死師傅，與其傳授給別人，不如自己守著多年總結(jié)的經(jīng)驗刷出幾十篇文章，看著別人掙扎，這就是現(xiàn)實。

所以大家渴望這些經(jīng)驗和套路的總結(jié)，今天我們就把這些套路進行梳理和總結(jié)。一個從臨床問題出發(fā)的基礎(chǔ)課題，一般來說包括：臨床、細胞、動物和機制四個部分。

臨床部分大家最為熟悉，平時接觸到大量的病例信息，最關(guān)鍵的實驗材料——樣本也是很容易拿到的，所以只用臨床的樣本和資料也可以發(fā)文章，問題在于怎么做才能把文章發(fā)到最高，以及能發(fā)幾篇文章。現(xiàn)總結(jié)程咬金的三板斧：差異+相關(guān)+預(yù)后或者診斷，邏輯基礎(chǔ)就是相關(guān)。

第一步差異：就是明確實驗組和對照組的差異因素，這里的因素可以是基因分子也可以是某個我們干預(yù)的措施，也就是說某個因素伴隨著疾病的發(fā)生發(fā)展有變化；

第二步相關(guān)：就是這個因素與疾病其它因素相關(guān)性，比如某個蛋白在動脈粥樣硬化發(fā)病時表達升高，那這個蛋白是否與血脂含量有關(guān)，因為血脂含量是動脈粥樣硬化的危險因素，如果兩者顯著相關(guān)，這個蛋白與動脈粥樣硬化的關(guān)系就更進一步了，因為可能存在蛋白——血脂含量——動脈粥樣硬化這樣的發(fā)病機制。

第三步預(yù)后或者診斷：最后我們要考慮的就是這個蛋白作為疾病診斷和預(yù)后標(biāo)志物的表現(xiàn)，我們常用 ROC 曲線來評價這個指標(biāo)的靈敏度和特異性，用生存分析和單/多因素 COX 分析來看這個指標(biāo)是否可以獨立的指征患者預(yù)后。

差異+相關(guān)+預(yù)后/診斷，這個就是臨床層面研究的基本套路，我們可以看到成百上千篇這樣的文章，分數(shù)有高有低，高的 5 分+，低的 1 分，最常見的一個主題就是分子標(biāo)志物。影響分數(shù)的因素有很多，樣本量、創(chuàng)新性、結(jié)果好壞、分子和雜志的選擇等等。

三步走：選細胞+因素干預(yù)+表型檢測，做研究多了后會把這三個步驟固定下來，變化的是因素，即所有的四個層面都會遇到的關(guān)鍵問題：如何選擇要研究的分子，這個問題視頻課程中詳細說。

選細胞：一個疾病的病因太多了，所以我們選擇細胞的時候就要考慮從哪個角度展開了，比如研究腫瘤的時候我們可以選擇腫瘤細胞，微環(huán)境中的細胞（比如腫瘤相關(guān)成纖維細胞CAF），也可以選擇免疫細胞，大家最常選的是腫瘤細胞，做多了以后就會把其它的可能性忽略了，以至于看到有人研究CAF、TAM的時候認為很新，其實這是思維角度的局限。

因素干預(yù)：選好細胞以后，干預(yù)的因素這點大家最為熟悉的就是基因沉默、過表達，方式是siRNA和shRNA，只此一點同樣會遇到很多問題，比如基因的干擾效率很低，干擾后RNA表達有差異，蛋白表達沒有差異等等。

表型檢測：關(guān)于細胞的表型，大家一般喜歡檢測增殖、周期、凋亡和自噬，其實除此之外還有太多表型了，如果把細胞當(dāng)做人來考慮，除了生死之外的問題太多了，所以具體怎么選擇要檢測的表型也是一門學(xué)問，什么熱做什么（比如細胞自噬）的標(biāo)準(zhǔn)太盲目。這樣的套路出來的文章也確實很多，以關(guān)鍵詞  knockdown/overexpressionpromotes/inhibits 為關(guān)鍵詞從 pubmed 一找一大片。

這個層面的套路基本與細胞類似：構(gòu)建疾病動物模型+因素干預(yù)+表型檢測，雖然套路相似，考慮的問題卻是不一樣的。

比如有人用裸鼠做 Treg 對腫瘤細胞的免疫抑制研究，怎么做都做不出來，這就要考慮動物層面與臨床層面的差異了，比如免疫、基因和代謝。一個基因在物種里面的保守性如何，大家也常常忽略，在老鼠身上好用的 marker，如果人身上沒有這個基因，這個研究的意義在哪里？

除此之外，動物干預(yù)的方式要比細胞多，因為我們可以直接用修飾過的細胞進行干預(yù)，比如基因敲除或者改造過的間充質(zhì)干細胞治療肺損傷。還有就是動物實驗非?？粗胤纸M和對照，假手術(shù)就是其中一個關(guān)鍵的分組。

不過，動物實驗有個好處：文章的分數(shù)可以發(fā)的很高，而且有很多雜志特別喜歡這種「套路」的研究，只要言之有理就可以發(fā)表。

五步法讓你研究分子機制再也不愁！

1. 信號通路：信號通路千千萬，找到一條是關(guān)鍵，通路關(guān)系太復(fù)雜，講不清楚就完蛋！

2. 明星分子：明星分子選得好，文章分數(shù)才能高，中游節(jié)點最常選，上下連接有得搞！

3. 中心法則：中心法則像樓梯，三個水平N多級，從大到小逐層找，推理驗證少不了！

4. 工具分子：一個結(jié)果多個因，工具分子一大群，具體哪個有作用，IP驗證指乾坤！

5. 具體位點：分子整體有作用，具體位點講不清，拆開組合來驗證，整個世界都安靜。

因分子機制層面涉及的內(nèi)容較多，具體詳見下方視頻教程。

對大家來說只要到第二步驟：把信號通路和明星分子檢測到就足夠把文章發(fā)到 5+ 了，第三步圍繞中心法則的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后機制研究是一道門檻，跨不過這關(guān)，高分文章難發(fā)，基金也難中。