在東北方面，明初是以恢復(fù)元朝的疆域?yàn)槟繕?biāo)的。特別是由于在朝鮮半島的王氏高麗是親元的，所以明太祖朱元璋曾堅(jiān)持要以鐵嶺為界，準(zhǔn)備在朝鮮半島的西北部設(shè)置屯駐軍隊(duì)的衛(wèi)、所，為此與高麗發(fā)生過爭執(zhí)。但到洪武二十五年（公元1392年），高麗李氏取代王氏自立，改而奉行親明政策，因此明朝不再堅(jiān)持以鐵嶺為界，從此鴨綠江成為明朝與朝鮮的界河。

在東北女真等部族地區(qū)，明朝陸續(xù)設(shè)置了一批羈縻衛(wèi)、所，用以統(tǒng)治或控制當(dāng)?shù)孛褡?。永樂七年（公?409年）設(shè)置的奴爾干都司，管轄約300個(gè)羈縻衛(wèi)、所。都司駐于黑龍江下游今俄羅斯哈巴羅夫斯克邊區(qū)塔赫塔，下距江口150公里，轄境包括今黑龍江、精奇里江、烏蘇里江、松花江流域，北至外興安嶺以北。永樂九年又征服了苦兀，轄境擴(kuò)大到庫頁島，在島上設(shè)置了囊哈爾衛(wèi)。奴爾干都司的主要官員如都指揮使、同知、僉事等職都用流官，即由朝遷派遣，而各衛(wèi)、所的指揮、千戶等職任用土官，即由當(dāng)?shù)夭孔宓氖最I(lǐng)擔(dān)任。奴爾干都司的性質(zhì)與漢唐時(shí)的都護(hù)府相似，各衛(wèi)、所內(nèi)部的部族也享有自治權(quán)。但都司的管轄比都護(hù)府更嚴(yán)密，因?yàn)橄聦賳挝徊辉儆形饔蚰菢拥膰?，各衛(wèi)、所必須完全服從都司。當(dāng)然，由于屬于羈縻性質(zhì)，所以都司對下屬單位的控制程度差異很大，不可一概而論。

都司的設(shè)立和存在不僅有可靠的文獻(xiàn)記載，而且有確鑿的物證。奴爾干都司設(shè)立后，內(nèi)官亦失哈等多次奉命去對當(dāng)?shù)夭孔逍I撫慰。永樂十一年（公元1413年）亦失哈第三次到奴爾干都司時(shí)，在都司城西南、黑龍江恒滾河口對岸山上建永寧寺，并在寺前立碑。宣德七年（公元1432年）他第十次到該地時(shí)，發(fā)現(xiàn)寺已被毀，次年就委官重建，又立碑紀(jì)事。這兩塊碑詳細(xì)地記載了設(shè)置奴爾干都司的經(jīng)過與亦失哈屢次宣諭鎮(zhèn)撫其地的情況。永寧寺雖久已堙圯〔yīnyí音夷〕，但兩碑一直屹立原地。清光緒十一年（公元1885年），曹廷杰奉清遷之命對被沙俄侵占地區(qū)進(jìn)行調(diào)查，將碑文拓下攜回，披露于世。原碑至今還保存在俄羅斯哈巴羅夫斯克（伯力）的博物館中。

宣德十年（公元1435）年，奴爾干都司撤銷，下屬的衛(wèi)所則繼續(xù)存在。不過由于上一級建置取消了，明朝對這些衛(wèi)所的控制也減弱了，尤其是在明朝國力衰弱以后。為了防止羈縻地區(qū)的部族和西部的韃靼進(jìn)入它的直接統(tǒng)治區(qū)——遼東都司，從永樂、宣德開始陸續(xù)建起了邊墻。邊墻東起今遼寧丹東市東北鴨綠江邊，向北經(jīng)寬甸東、本溪西，折東至本溪北，又北經(jīng)撫順東、鐵嶺東、開原東、昌圖東，東折至昌圖北，南折至昌圖西、開原西，以后大致沿遼河而西南至三岔口（今遼寧海城市西北），又自三盆口向西北，經(jīng)臺安、黑山，折東經(jīng)阜新南，折西南經(jīng)義縣西、錦州西、錦西西、綏中西，折南至山海關(guān)止。這道邊墻并不是明朝的邊界，甚至也不是直接統(tǒng)治區(qū)的界線，因?yàn)檫厜Φ臇|北是奴爾干都司轄境，即使在都司撤銷后，也還是明朝疆域的一部分。而且由于軍事防衛(wèi)的需要，邊墻也沒有完全筑在遼東都司的邊緣，它的一部分轄境就在邊墻之外。由于遼東邊墻通過山海關(guān)連接著明朝的另一道邊墻（長城），所以它的起點(diǎn)——丹東市東北鴨綠江邊，也就是萬里長城的起點(diǎn)。

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