山東昆崳山國家級自然保護區(qū)：地處山東煙臺市牟平區(qū)和文登市，保護區(qū)內(nèi)有野生高等植物1073種，還有野生動物1161種。擁有山東省最大的世界樹木活化石——水杉。是山東省第一個森林生態(tài)類型的國家級自然保護區(qū)。

榮成大天鵝國家級自然保護區(qū)：位于山東省威海榮成市成山鎮(zhèn)境內(nèi)，是以保護大天鵝和典型濕地生態(tài)系統(tǒng)為主的自然保護區(qū)，2007年4月晉升為國家級自然保護區(qū)。

濱州貝殼堤島與濕地國家級自然保護區(qū)：地處山東省濱州市，主要保護對象為貝殼堤島和濱海濕地，屬海洋自然遺跡類型自然保護區(qū)。2006年2月16日晉升為國家級自然保護區(qū)。

山旺古生物化石國家級自然保護區(qū)：位于山東省濰坊臨朐縣山旺村，保護區(qū)古生物化石群是距今約1800萬年的第三紀中新世開始形成的。地層由許多薄如紙張的硅藻土質(zhì)巖組成。因此，人們形象地稱這里的地層為化石寶庫的“萬卷書”。

長島國家級自然保護區(qū)：位于山東省煙臺市長島縣境內(nèi)，地處膠東、遼東半島之間，黃海、渤海交匯處，由長山列島的大小32個島嶼組成，為候鳥遷徙的重要通道和停歇地。保護區(qū)在動物分布上，屬古北界華北黃淮亞區(qū)。保護對象為鷹、隼等。

山東黃河三角洲國家級自然保護區(qū)：位于黃河入?？?，以保護新生濕地生態(tài)系統(tǒng)和珍稀瀕危鳥類為主的濕地類型自然保護區(qū)。中國最大的一塊新生濕地，區(qū)內(nèi)動物分為陸生動物生態(tài)群和海洋動物生態(tài)群，共記錄野生動物1524種。陸生脊椎動物300種，無脊椎動物583種；陸生性水生動物223種，海洋性水生動物418種。

馬山國家級自然保護區(qū)：位于山東青島市，有柱狀節(jié)理石群、硅化木群、沉積構造、接觸變質(zhì)帶等地質(zhì)遺跡，被地質(zhì)界稱為“袖珍式地質(zhì)博物館”。于1994年成為國家級自然保護區(qū)。著名景點有玉皇殿、白云庵、千佛洞、狐仙居、即墨大夫等。