意識活動是意元體的功能的體現(xiàn)，是意元體的活動內容與過程，然而這一運動是在參照系的背景中進行的。意識活動的形式與內容是多層次的，因而這些不同的意識活動是在意元體參照系的不同層次進行的，這就是我們所說的意識活動的結構層次。我們根據(jù)意識活動的內容及其在意元體中所處的層面，把意識活動的結構分為三個層面。

一、 感知映象層

        這一層屬于意元體的“第一映象空間”。它直接受腦神經(jīng)細胞混元氣變化的影響，當神經(jīng)細胞接受了各種信息而發(fā)生變化時，與該細胞相關的混元氣就發(fā)生相應的變化，從而使信息在意元體中得以映現(xiàn)。這一層面可以對分散的信息進行整合以形成整體信息。人的感覺、知覺、形象思維過程就是在此“映象空間”進行的。

        鑒于意元體與腦神經(jīng)細胞的彼此轉化的關系，意元體對整個生命活動的影響，也是通過意元體的變化影響神經(jīng)細胞實現(xiàn)的。感覺、運動思維的行使過程就是在此過程中實現(xiàn)的，有關形象思維的記憶、聯(lián)想過程也是在此完成的。這一層面可以通過神經(jīng)細胞的功能直接與生命活動相關連，所以情緒也是這一層面的活動內容。

        這一切有關的信息既可以被貯存乃至進入?yún)⒄障担材鼙惶崛〕鰜碜鳛橹噶钕蛲獍l(fā)放，這一層面是人與高級動物所共有的。這是意元體與外來信息進行混化的基礎內容，是在參照系直接參與下完成的。

二、 概念抽象層面

        這一層面屬于意元體的“第二映象空間”。它是人類特有的內容，是在第一層面的基礎上形成的。當動物的腦元體反映事物的多層次復合性達到一定程度時，腦元體開始能夠對腦元體內部的變化進行自我反映。具體點說，當腦元體中形成外界實物的映象后，在腦元體中另一層面上再一次進行“映象”，這次映象與第一次映象不同，第一次是實物的寫實映象，第二次映象則是對第一映象加工代之以簡單的符號，這就是所謂的抽象形成的概念——詞匯。

        當腦元體有了這種功能后，動物就進化成人了，我們就稱此為意元體而不是腦元體了。經(jīng)過抽象形成的概念可以被貯存，也可以作為指令向外發(fā)放。人們進行的邏輯思維以及發(fā)明創(chuàng)造都是在這一層面進行的。當這一層面建立起來后，概念可以從第一層面的表象信息抽象得來，也可以直接從語言、文字的學習過程中得來。

        由于這一層面的內容是對第一層面的變態(tài)再反映，所以含有事物的具體信息較少，因而對腦細胞的混元氣的影響較小，這就是一般邏輯思維對生命活動不易起作用的原因。雖然如此，概念的形成過程畢竟是對具體映象抽象的結果，因而完整的概念活動過程中也會包含著該事物的整體信息，只不過經(jīng)過抽象后，信息所裹脅的能量大大地減少了?！暗诙诚罂臻g”與“第一映象空間”共同參與常態(tài)參照系的形成并使之發(fā)揮作用。

三、 智照層面

        這一層面是在超常智能參照系的層面進行的。這一層面進行的思維活動是超邏輯思維，也叫“實象思維”，這是與形象思維、體察思維不同的思維內容。所接收的信息與發(fā)放的信息都是整體性的真實存在。

        當常態(tài)參照系與超常參照系兩相滲透、合而為一的時候，人類的完整參照系就形成了。智照層面的思維，必須在具有超常智能的基礎上進行，但有了超常智能未建立超常參照系還不能進行智照層面的思維。關于這三個層面之間的關系，可簡化為下圖，予以示意性表示。

        意識是意元體的活動內容與過程，就其本質屬性來說，它是超時空的，不應該有時空結構。我們這里所說的時空結構只是為了講述方便而用的術語，這就象微觀領域用的三色夸克，不代表顏色區(qū)別，而是特殊用語一樣。

        混元意識論認為，人的意識是人類在它的整個生命過程中在意元體中建立起來的一種特殊的超時空結構。它以自我意識和參照系為中心，形成自我體系，把人的生物代謝層次、生命層次、情緒層次、思維層次、道德層次依次組織成一個遞進的、互相制約的有機的意識整體，并和整個生命活動過程緊密連接起來。其中生物代謝層次在基層，而道德則在最高層。示意如下：