亞健康與消化系統(tǒng)之間的關(guān)系十分密切，精神狀態(tài)的變化能影響胃腸道黏膜和肝臟等血流動力學(xué)和分泌的失調(diào)。同時(shí)，也會引起胃腸道運(yùn)動功能的變化和紊亂，從而導(dǎo)致胃腸道疾病的發(fā)生。各類微生物在人體內(nèi)的內(nèi)環(huán)境中形成一種微生態(tài)平衡，處于亞健康狀態(tài)的人，其體內(nèi)微生態(tài)往往失衡，腸內(nèi)的有益菌群（如雙歧桿菌）的減少，而導(dǎo)致有害菌群及人體毒素就此會占據(jù)優(yōu)勢，從而導(dǎo)致胃腸道疾病的產(chǎn)生。如:炎癥，潰瘍，良、惡性腫瘤。

人體碳水化合物代謝、脂肪代謝、蛋白質(zhì)代謝等與正常菌群有著密切關(guān)系。正常微生物菌群的存在，對于我們?nèi)祟惖挚垢鞣N各樣的疾病起著重要的拮抗作用，發(fā)揮免疫調(diào)節(jié)的重要功能，發(fā)揮著不可或缺的重要作用。

這樣一個(gè)生態(tài)平衡和生態(tài)失衡是動態(tài)的，人體正常的益生菌處在動態(tài)的平衡當(dāng)中。在平衡狀態(tài)下，腸道這些微生物發(fā)揮著它們各自的作用，起著各種各樣的有益作用。一旦生態(tài)平衡受到迫害，造成失調(diào)，體內(nèi)有害菌大量繁殖，就會受到感染，甚至腫瘤會出現(xiàn)。

正常情況下腸道正常菌群與人體內(nèi)外環(huán)境保持著平衡狀態(tài)，對機(jī)體健康起著非常重要的作用，但在某些情況下，這種平衡狀態(tài)被打破，就會形成菌群失調(diào)，導(dǎo)致疾病的發(fā)生或加重病情，進(jìn)而使菌群失調(diào)加劇，形成惡性循環(huán)，甚至導(dǎo)致其他疾病的發(fā)生。

抗生素應(yīng)用不當(dāng)是引起菌群失調(diào)的主要原因?？股卦跉绮≡耐瑫r(shí)也抑制了正常菌群的生長，實(shí)際上是使腸道無菌化。當(dāng)正常菌群遭破壞，腸道的環(huán)境條件發(fā)生改變，某些耐藥菌和外來致病菌就大量繁殖，引起菌群失調(diào)癥。如臨床常見的葡萄球菌、艱難梭菌以及白色念珠菌引起的假膜性腸炎。

正常人的小腸上段細(xì)菌很少，但若先天性腸道不暢或因胃腸道手術(shù)及運(yùn)動引起的小腸淤滯時(shí)，會造成腸道內(nèi)致病菌如：金黃色葡萄球菌、艱難梭菌等的過度生長。當(dāng)慢性萎縮性胃炎或某些原因致胃酸缺乏時(shí)，胃及小腸上段細(xì)菌也會大量繁殖，結(jié)腸及小腸下段的細(xì)菌出現(xiàn)上移，造成小腸的細(xì)菌增多，進(jìn)而使結(jié)合膽酸分解為游離膽酸，影響脂肪的吸收，造成脂肪瀉。

外來的腸道致病菌進(jìn)入機(jī)體會導(dǎo)致急性腹瀉，急性腹瀉患者由于常駐菌的大量排出，過路菌比例增加會導(dǎo)致菌群失調(diào)。當(dāng)合理應(yīng)用抗生素時(shí)，致病菌被殺死，腹瀉結(jié)束病情恢復(fù)后腸道菌群也會逐漸恢復(fù)正常。若急性腹瀉沒能及時(shí)治療，會導(dǎo)致慢性腹瀉。慢性腹瀉也會使常駐菌不斷大量的排出，過路菌的數(shù)量相應(yīng)增加。

腹瀉的發(fā)生會影響腸道蠕動功能，也會影響腸道正常菌群的比例，出現(xiàn)類桿菌、雙歧桿菌、腸桿菌數(shù)量減少，而條件致病梭桿菌、酵母菌量增多，進(jìn)而導(dǎo)致脂肪酸代謝紊亂和膽鹽代謝障礙而引起腹瀉，腹瀉又加重菌群失調(diào)，形成惡性循環(huán)。

現(xiàn)代醫(yī)學(xué)研究證實(shí)，長期便秘會誘發(fā)不同的疾病而提早老化。糞便長時(shí)間地積存于腸道中，使有害菌大量繁殖，產(chǎn)生有害物質(zhì)，被吸收入血液，進(jìn)入肝臟，損害肝細(xì)胞。另外，便秘由于排便困難而常常需要用力屏氣，使腹肌強(qiáng)烈收縮，導(dǎo)致腹腔內(nèi)壓力增高，當(dāng)腹腔血管受到一定壓力后，就會使血液大量回流到心臟，致使心臟負(fù)擔(dān)加重，血壓升高。不僅如此，便秘還會引起慢性潰瘍、痔瘡、腸癌、乳腺癌等病。

便秘與腸內(nèi)細(xì)菌的關(guān)系，早在20世紀(jì)20年代便有相關(guān)的研究，許多報(bào)告一致指出，如能增加腸內(nèi)的有益菌，即可迅速有效改善便秘。學(xué)者發(fā)現(xiàn)，便秘者腸內(nèi)菌群十分不平衡，糞便中的有益菌比健康者降低25%以上，也有報(bào)道說，在50%的便秘者糞便中，并無有益菌的存在。

腸道菌群在腸道免疫中起著非常重要的作用。腸道菌群的生態(tài)平衡是維持正常消化功能和防止疾病發(fā)生的一個(gè)重要因素，當(dāng)外界環(huán)境變化時(shí)，腸道內(nèi)的條件性病原菌就會引發(fā)消化道疾病，此時(shí)黏膜屏障的功能就會受損，腸腔內(nèi)細(xì)菌可達(dá)到腸系膜淋巴結(jié)，并可能進(jìn)一步侵犯遠(yuǎn)處臟器。

研究發(fā)現(xiàn)腸道菌群失調(diào)后，小鼠脾臟溶血空斑數(shù)減少、巨噬細(xì)胞吞噬率降低、T淋巴細(xì)胞數(shù)量及IL-2的含量減低、脾臟的重量減輕，說明腸菌群失調(diào)不僅可以降低機(jī)體特異性免疫功能，也可降低非特異性免疫功能。免疫功能下降可導(dǎo)致機(jī)體的二重感染、醫(yī)源性感染或新的感染，這些不良后果又可加重菌群紊亂，形成惡性循環(huán)。

一項(xiàng)正在進(jìn)行的調(diào)查更是觸目驚心：全球85%人群遭遇腸道超前老化。也就是說85%以上人群腸道實(shí)際年齡比自然年齡老化20~30歲。腸道老化正日化趨嚴(yán)重，輕者導(dǎo)致腸功能紊亂、營養(yǎng)吸收差、鈣鐵鋅及維生素缺乏、機(jī)體免疫力下降，重者就會因腸道的超前衰老而過早死亡而不得不走向生命的終點(diǎn)?？茖W(xué)家形象地將此類現(xiàn)象稱為“腸道沙漠化”。據(jù)世界衛(wèi)生組織最新資料：中國有1.2億人口患有不同程度的胃腸疾病，其中，尤令人憂慮的是青年群體，據(jù)統(tǒng)計(jì)，中國8000萬白領(lǐng)階層中腸道疾病患者達(dá)68%，而這一比率仍有上升趨勢。而老年腸道患者占70%以上，情況更不容樂觀。所以，不管是青年或是老年人，我們都應(yīng)該更加重視腸道的健康。

對動脈硬化、高膽固醇血癥、糖尿病、老年性癡呆等腸道檢查有菌群失調(diào)者，有人用雙歧桿菌等復(fù)合制劑，對治療其腸道菌群紊亂和改善癥狀取得了一定的療效。

信奉自然療法的人們常堅(jiān)持認(rèn)為：皮膚疾病往往表明了人體的毒素正試圖從皮膚找到排出的通道，這些毒素在排出體外時(shí)便會引起炎癥和刺激。腸道的正常菌群在微生態(tài)平衡是有助于毒素的分解并經(jīng)過腸道排出體外，如果經(jīng)常發(fā)生便秘，腸道中的腐敗菌就會大量繁殖產(chǎn)生各種毒素，在結(jié)腸中停留時(shí)間越長，毒素進(jìn)入體內(nèi)的量越多，毒素隨血液傳遍全身，而這些毒素透過皮膚分泌出來，會引發(fā)皮膚發(fā)炎或形成痤瘡。歐洲學(xué)者研究發(fā)現(xiàn)，大部分痤瘡患者在服用益生菌兩周左右，痤瘡基本消失。皮炎和濕疹是過敏性皮膚常見的皮膚病。通過飲食調(diào)整如服用益生菌或益生元，可緩解或治愈，這與益生菌的免疫調(diào)節(jié)作用有關(guān)。