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R是現(xiàn)今最受歡迎的數(shù)據(jù)分析和可視化平臺(tái)之一。它是自由的開(kāi)源軟件，并同時(shí)提供Windows、Mac OS X和Linux系統(tǒng)的版本。在接下來(lái)的時(shí)間，我將把掌握、精通這個(gè)軟件所需的技能學(xué)習(xí)過(guò)程以系列文章的形式發(fā)表，記錄我的學(xué)習(xí)過(guò)程，供大家參考，一起有效地使用它分析自己的數(shù)據(jù)。工欲善其事必先利其器，學(xué)習(xí)R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析，第一步自然是R安轉(zhuǎn)。R可以在CRAN上免費(fèi)下載，安裝過(guò)程可以參考我前面的視頻教程 3. 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析相關(guān)R包安裝 一、R的使用R是一種區(qū)分大小寫(xiě)的解釋型語(yǔ)言。你可以在命令提示符（>）后每次輸入并執(zhí)行一條命令，或者一次性執(zhí)行寫(xiě)在腳本文件中的一組命令 。 R語(yǔ)句由函數(shù)和賦值構(gòu)成。R使用<-，而不是傳統(tǒng)的=作為賦值符號(hào)。 學(xué)習(xí)一門(mén)語(yǔ)言，一定要學(xué)會(huì)查看幫助文檔。R提供了大量的幫助功能，學(xué)會(huì)如何使用這些幫助文檔可以在相當(dāng)程度上助力編程工作 。 包是R函數(shù)、數(shù)據(jù)、預(yù)編譯代碼以一種定義完善的格式組成的集合。計(jì)算機(jī)上存儲(chǔ)包的目錄稱為庫(kù)（library） 。函數(shù) .libPaths() 能夠顯示庫(kù)所在的位置， 函數(shù) library() 則可以顯示庫(kù)中有哪些包。 有許多R函數(shù)可以用來(lái)管理包。第一次安裝一個(gè)包，使用命令install.packages()即可。也可以參考視頻教程單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析相關(guān)R包安裝。例如，包gclus中提供了創(chuàng)建增強(qiáng)型散點(diǎn)圖的函數(shù)?？梢允褂妹頸nstall.packages("gclus")來(lái)下載和安裝它。 包的安裝是指從某個(gè)CRAN鏡像站點(diǎn)下載它并將其放入庫(kù)中的過(guò)程。要在R會(huì)話中使用它，還需要使用library()命令載入這個(gè)包。例如，要使用gclus包，執(zhí)行命令library(gclus)即可。 二、R中的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)集通常是由數(shù)據(jù)構(gòu)成的一個(gè)矩形數(shù)組，行表示觀測(cè)，列表示變量。類似于數(shù)據(jù)庫(kù)中的記錄（record）和字段（field）。 R語(yǔ)言中的基本數(shù)據(jù)類型（模式）包括數(shù)值型、字符型、邏輯型（TRUE/FALSE）、復(fù)數(shù)型（虛數(shù)）和原生型（字節(jié)）。 R擁有許多用于存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的對(duì)象類型，包括標(biāo)量、向量、矩陣、數(shù)組、數(shù)據(jù)框和列表。它們在存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的類型、創(chuàng)建方式、結(jié)構(gòu)復(fù)雜度，以及用于定位和訪問(wèn)其中個(gè)別元素的標(biāo)記等方面均有所不同。 我們接下來(lái)將逐個(gè)介紹這些數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。 1、向量 2、矩陣 矩陣是一個(gè)二維數(shù)組，只是每個(gè)元素都擁有相同的數(shù)據(jù)類型（數(shù)值型、字符型或邏輯型） ?？赏ㄟ^(guò)函數(shù)matrix()創(chuàng)建矩陣，陣中僅能包含一種數(shù)據(jù)類型 。 如上所示，創(chuàng)建了一個(gè)4行5列的矩陣，矩陣中的元素按照行填充，分表定義了行名、列名。 我們可以使用下標(biāo)和方括號(hào)來(lái)選擇矩陣中的行、 列或元素。X[i,]指矩陣X中的第i行， X[,j]指第j列， X[i, j]指第i行第j 個(gè)元素。選擇多行或多列時(shí)，下標(biāo)i和j可為數(shù)值型向量。 3 數(shù)組 數(shù)組（array）與矩陣類似，但是維度可以大于2。數(shù)組可通過(guò)array函數(shù)創(chuàng)建。其中vector包含了數(shù)組中的數(shù)據(jù)， dimensions是一個(gè)數(shù)值型向量，給出了各個(gè)維度下標(biāo)的最大值，dimnames是可選的、各維度名稱標(biāo)簽的列表。像矩陣一樣，數(shù)組中的數(shù)據(jù)也只能擁有一種數(shù)據(jù)類型。 4、數(shù)據(jù)框 數(shù)據(jù)框可用來(lái)存儲(chǔ)下圖格式，不同的列可以包含不同的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)框是R中最常處理的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。數(shù)據(jù)框可通過(guò)函數(shù)data.frame()創(chuàng)建：mydata <- data.frame(col1, col2, col3,...)其中的列向量col1、 col2、 col3等可為任何類型（如字符型、數(shù)值型或邏輯型）。每一列數(shù)據(jù)的模式必須唯一，不過(guò)你卻可以將多個(gè)模式的不同列放到一起組成數(shù)據(jù)框。 訪問(wèn)數(shù)據(jù)框中元素的方式有若干種?？梢允褂茫ㄈ缇仃囍械模┫聵?biāo)記號(hào)，亦可直接指定列名，或是使用$符號(hào)，如下例： 5、因子 變量可歸結(jié)為名義型、有序型或連續(xù)型變量。名義型變量是沒(méi)有順序之分的類別變量。糖尿病類型Diabetes（Type1、 Type2）是名義型變量的一例。變量之間并沒(méi)有先后順序，只是表示不同類型。 有序型變量表示一種順序關(guān)系。如上例中病情Status（poor、 improved、 excellent）是順序型變量。病情為poor（較差）病人的狀態(tài)不如improved（病情好轉(zhuǎn)）的病人，但并不知道相差多少。 連續(xù)型變量可以呈現(xiàn)為某個(gè)范圍內(nèi)的任意值，并同時(shí)表示了順序和數(shù)量。年齡Age就是一個(gè)連續(xù)型變量。 類別（名義型）變量和有序類別（有序型）變量在R中稱為因子（factor）。類似于編程語(yǔ)言中的枚舉類型。 函數(shù)factor()以一個(gè)整數(shù)向量的形式存儲(chǔ)類別值，整數(shù)的取值范圍是[1...k]（其中k是名義型變量中唯一值的個(gè)數(shù)），同時(shí)一個(gè)由字符串（原始值）組成的內(nèi)部向量將映射到這些整數(shù)上。 創(chuàng)建有序型變量，為factor()指定參數(shù)ordered=TRUE，通過(guò)指定levels選項(xiàng)來(lái)覆蓋默認(rèn)排序 6、列表 列表是一些對(duì)象的有序集合。列表允許整合若干（可能無(wú)關(guān)的）對(duì)象到單個(gè)對(duì)象名下。類似于編程語(yǔ)言中的類或是結(jié)構(gòu)體。某個(gè)列表中可能是若干向量、矩陣、數(shù)據(jù)框，甚至其他列表的組合?？梢允褂煤瘮?shù)list()創(chuàng)建列表： mylist <- list(object1, object2, ...) 總結(jié)： 以上介紹了R語(yǔ)言中的基本數(shù)據(jù)類型和常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，包括各種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的創(chuàng)建和訪問(wèn)數(shù)據(jù)的方式，這些是存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)。便于我們后續(xù)進(jìn)一步對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析處理 |
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來(lái)自： 生信交流平臺(tái) > 《待分類》
包是R函數(shù)、數(shù)據(jù)、預(yù)編譯代碼以一種定義完善的格式組成的集合。計(jì)算機(jī)上存儲(chǔ)包的目錄稱為庫(kù)（library） 。函數(shù) 
我們接下來(lái)將逐個(gè)介紹這些數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。
如上所示，創(chuàng)建了一個(gè)4行5列的矩陣，矩陣中的元素按照行填充，分表定義了行名、列名。
訪問(wèn)數(shù)據(jù)框中元素的方式有若干種?？梢允褂茫ㄈ缇仃囍械模┫聵?biāo)記號(hào)，亦可直接指定列名，或是使用$符號(hào)，如下例：
