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復發(fā)性流產(chǎn)患者人體蛻膜免疫微環(huán)境的單細胞分析

 健明 2022-06-15 發(fā)布于廣東

前言

題目:Single-cell profiling of the human decidual immune microenvironment in patients with recurrent pregnancy loss
日期:2021-01-04
期刊:cell discovery
DOI:https:///10.1038/s41421-020-00236-z

摘要

復發(fā)性流產(chǎn) (RPL),定義為連續(xù)兩次或多次妊娠失敗,影響多達 5% 的備孕女性,RPL 的已知原因包括遺傳異常、內分泌失調、子宮畸形等。有研究表明,蛻膜免疫微環(huán)境的異??赡芘cRPL的發(fā)病機制有關。然而,蛻膜免疫微環(huán)境失調導致 RPL 的潛在機制仍不清楚。

蛻膜(decidua)是受精卵著床之后,在孕激素作用下,經(jīng)歷增厚和血供增加過程的子宮內膜。母胎界面的蛻膜免疫細胞主要由自然殺傷 (NK) 細胞、巨噬細胞、T 細胞和多種少數(shù)細胞類型(如樹突狀細胞、NKT 細胞等)組成。

本文從復發(fā)性流產(chǎn) (RPL) 患者和健康對照中分離出 18,646 個人類蛻膜免疫細胞,發(fā)現(xiàn)與正常蛻膜免疫微環(huán)境相比,RPL 患者的免疫細胞亞群分布存在顯著差異。另外還構建了蛻膜免疫微環(huán)境中主要細胞類型之間的疾病特異性相互作用網(wǎng)絡。

RPL患者蛻膜免疫細胞圖譜

獲得了 24 個具有正常胚胎核型的人類妊娠早期蛻膜樣本:9 個來自 RPL 患者,15 個來自健康對照?;颊吆徒】祵φ盏哪挲g為 21-39 歲。對照組的平均孕周為 7.24 周,RPL 患者為 8.50 周。9 名 RPL 患者中有 4 名經(jīng)歷了 3 次流產(chǎn),5 名經(jīng)歷了 2 次。

經(jīng)過質控過濾后總共保留了 18,646 個高質量 CD45 +細胞轉錄組。其中,8504 個細胞來自 RPL 患者,10,142 個細胞來自正常對照。

聚類分群得到11個cluster,利用biomarker進行注釋,得到包括 NK 細胞、巨噬細胞、T 細胞、樹突細胞、NKT 細胞和免疫祖細胞。

然后看細胞比例,NK 細胞的比例沒有明顯差異,但 RPL 患者的巨噬細胞數(shù)量減少并且略有增加T細胞。?為了驗證這一結果,又使用流式細胞法測量了更多的樣本:選取RPL 患者(n = 23)和健康對照(n = 24)隊列看 NK、巨噬細胞和 T 細胞的分布。結果也是NK 細胞的比例略有增加,但巨噬細胞顯著減少。

RPL 患者的一部分血管生成 dNK 細胞減少

由于 dNK 細胞是蛻膜免疫微環(huán)境中最豐富的細胞類型,作者最初探索了 dNK 細胞亞群及其在母胎的功能。

鑒定了三個已知的 dNK 細胞亞群:CD39+ CD18- CD103-(dNK1)、CD18+ CD103- CD39-(dNK2)和CD18+ CD103+ CD39-(dNK3),以及一組增殖的自然殺傷細胞細胞(dNKp)。

雖然RPL 患者和健康對照之間的總 dNK 細胞比例沒有顯著差異,但dNK 細胞亞群比例存在明顯差異(圖C):RPL患者的dNK1細胞顯著減少,而dNK2細胞略有增加,dNK3細胞顯著增加

為了研究這三個 dNK 細胞亞群的不同功能,做了差異分析和富集分析,發(fā)現(xiàn)血管生成素受體 Tie2 介導的信號通路的基因在 dNK1 細胞亞群中富集,該信號通路的 24 個基因的表達水平升高。

關于dNK2 和 dNK3 細胞亞群,這些細胞具有相似程度的染色質可接近性,并且具有一些相似的基因表達譜。dNK2和dNK3細胞都高度富集細胞因子介導的信號通路。

綜上, dNK1 細胞具有支持胚胎生長的活性,而 dNK2 和 dNK3 細胞易于分泌細胞因子。

接下來,檢查了 RPL 患者和健康對照中 NK 細胞亞群的功能差異,發(fā)現(xiàn)來自 RPL 患者的三個 dNK 細胞亞群中細胞因子介導的信號通路總體增強。ATAC-seq、scRNA-seq 數(shù)據(jù)和流式細胞分析也證實了這個發(fā)現(xiàn),進一步支持 dNK 細胞在 RPL 蛻膜中促進炎癥環(huán)境的作用。

此外,發(fā)現(xiàn) dNK1 細胞中 LILRB1 的表達略有下降,表明 dNK1 細胞與 EVT 之間的相互作用在疾病條件下減弱。

總的來說,這些結果表明,在 RPL 蛻膜中,dNK 細胞的正常血管生成功能減弱,伴隨著發(fā)揮促炎 dNK 功能的細胞的增強。

發(fā)育軌跡推斷

研究了蛻膜中 dNK 細胞分化過程中三個 dNK 亞群的發(fā)育軌跡,發(fā)現(xiàn)三個發(fā)育分支,其中 dNKp 分化為 dNK1 細胞(路徑 1)和 dNK2 和 dNK3 細胞的兩個不同分支(路徑 2 和路徑 3)。還確定了一種分化途徑:dNK2 樣細胞具有明顯的轉化為 dNK1 細胞的趨勢(路徑 T)

巨噬細胞增強 RPL 患者的細胞因子介導的通路

巨噬細胞是繼dNK之后最豐富的白細胞,這里研究了巨噬細胞在蛻膜免疫微環(huán)境中的細胞異質性。

從總共 3406 個巨噬細胞轉錄組中檢測到兩個巨噬細胞亞群:mac1 和 mac2,RPL 患者的整體巨噬細胞數(shù)量顯著減少。RPL 患者與健康對照相比,mac1 數(shù)量略有升高,mac2 數(shù)量顯著減少。

T 細胞亞群及其與巨噬細胞的相互作用

接下來研究了來自 RPL 患者和健康個體的 T 細胞的異質性。確定了三個 T 細胞亞群,包括 CD4+ T、CD8+ T 和 FOXP3+ 調節(jié)性 T 細胞。來自 RPL 患者的 T 細胞中細胞因子介導的信號通路總體增強。

使用CellPhoneDB進行細胞通訊,發(fā)現(xiàn)參與“positive regulation of T cell chemotaxis”的TNFSF14-TNFRSF14、TNFSF14-LTBR和CCL5-CCR1受體/配體對在RPL患者中增強。說明RPL 疾病狀態(tài)下的巨噬細胞不是 dNK 細胞,而是傾向于與 Th1-like T 細胞相互作用

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