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28 Nature子刊發(fā)表全新細(xì)胞死亡方式!雙硫死亡詳解來了!

 外科黃文斌 2023-02-20 發(fā)布于廣東

雙硫死亡可謂是繼2022年初銅死亡發(fā)現(xiàn)以來又一細(xì)胞死亡領(lǐng)域的重大發(fā)現(xiàn),下面我們就來看看該研究是如何開展的吧。

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(原文鏈接:https://www./articles/s41556-023-01091-2)

整體思路
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縱觀全文就會(huì)發(fā)現(xiàn),本文的研究手法和銅死亡發(fā)現(xiàn)時(shí)的研究思路有異曲同工之妙(我的國自然標(biāo)書沒中,怎么改讓專家都說好?)。對(duì)比兩篇論文就能發(fā)現(xiàn),兩者都是從已有程序性死亡方式入手,使用抑制劑進(jìn)行一一排除后,再基于數(shù)據(jù)庫或已有研究基礎(chǔ)找到新型死亡方式的誘導(dǎo)因素,從而命名。機(jī)制探索上,也都是通過組學(xué)手段進(jìn)行目標(biāo)關(guān)鍵分子/通路篩選,最后根據(jù)已有的信息整合推測(cè)可能機(jī)制,進(jìn)行常規(guī)的分子機(jī)制驗(yàn)證。

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研究?jī)?nèi)容
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第一步:排除其它程序性死亡和因素,明確死亡誘因并命名

如前所述,提出一種新型死亡方式的第一步是排除其它細(xì)胞死亡方式的干擾,以及找到真正影響并誘導(dǎo)該新型死亡產(chǎn)生的因素。由于之前研究發(fā)現(xiàn)在葡萄饑餓情況下,SLC7A11高表達(dá)細(xì)胞死亡死亡更迅速(這個(gè)分子是不是很眼熟?鐵死亡還記得嗎?),因此作者在葡萄糖充足和葡萄糖饑餓條件下,分別在細(xì)胞SLC7A11過表達(dá)細(xì)胞內(nèi)添加鐵死亡、凋亡、壞死性凋亡、自噬抑制劑,發(fā)現(xiàn)均無法阻止細(xì)胞死亡。然而,細(xì)胞死亡卻能夠被還原性試劑(TCEP抑制。(圖1上)

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圖1(上)

為了進(jìn)一步明確這一死亡是否受到其它死亡方式的干擾,作者特地在細(xì)胞中分別敲除鐵死亡另一關(guān)鍵通路蛋白ACSL4和凋亡關(guān)鍵誘導(dǎo)蛋白BAX/BAK,能夠抑制葡萄糖充足條件下的細(xì)胞死亡,卻依然無法逆轉(zhuǎn)葡萄糖饑餓條件下的死亡。

由于葡萄糖與能量代謝有關(guān),因此作者還關(guān)注了ATP在該死亡方式中的作用。然而結(jié)果卻顯示,SLC7A11過表達(dá)細(xì)胞在葡萄糖饑餓條件下ATP水平顯著高于對(duì)照組,敲除SLC7A11能回復(fù)葡萄糖饑餓下二酰胺誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡。(圖1下)

總之,這些結(jié)果表明,這種新型死亡方式與二硫化物應(yīng)激有關(guān),與ATP水平無關(guān)。因此將其命名為“雙硫死亡”。

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圖1(下)

第二步:篩選下游關(guān)鍵通路

細(xì)胞內(nèi)的二硫化物應(yīng)激對(duì)氧化還原敏感的蛋白影響較大,因此接下來就是順理成章的組學(xué)篩選,尋找受到二硫化物應(yīng)激改變的通路。與普通蛋白組不同的是,文中使用的是二硫蛋白組學(xué),即檢測(cè)二硫鍵變化的蛋白質(zhì)。從結(jié)果中可以看到,葡萄糖饑餓且SLC7A11高表達(dá)條件下,Actin-細(xì)胞骨架和細(xì)胞黏附相關(guān)通路顯著富集,包含大量actin細(xì)胞骨架蛋白如FLNA/BMYH9、TLN1、ACTB等(圖2)。(所以后面實(shí)驗(yàn)的時(shí)候不能用actin作為內(nèi)參了)

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圖2

第三步:深入的分子機(jī)制探索

1.雙硫死亡中細(xì)胞骨架蛋白的二硫鍵

蛋白質(zhì)形成二硫鍵后遷移速度會(huì)變慢,因此在非還原性WB中,如果蛋白形成二硫鍵,會(huì)在分子量較大位置出現(xiàn)條帶。利用這個(gè)原理,作者檢測(cè)了蛋白質(zhì)組篩選到的actin細(xì)胞骨架相關(guān)的蛋白FLNA/B、MYH9、TLN1、Drebrin、Actin等。結(jié)果顯示在葡萄糖饑餓條件下,非還原性膠中野生型細(xì)胞蛋白均產(chǎn)生二硫鍵,而敲除SLC7A11后能回復(fù)這一現(xiàn)象。能夠調(diào)節(jié)NADP /NADPH比的2DG同樣能夠回復(fù)該表型,但ROS清除劑(Tempo/Trolox)不能。之后,作者進(jìn)一步對(duì)遷移變緩的actin蛋白進(jìn)行質(zhì)譜分析,果然在這些蛋白質(zhì)上發(fā)現(xiàn)多個(gè)二硫鍵位點(diǎn)。

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圖3

2.雙硫死亡中F-actin的收縮

既然之前的實(shí)驗(yàn)證明Actin細(xì)胞骨架相關(guān)的蛋白質(zhì)確實(shí)在葡萄糖饑餓,且SLC7A11高表達(dá)的情況下多個(gè)位點(diǎn)形成了二硫鍵,那么這些二硫鍵變化究竟導(dǎo)致了何種表型,從而最終走向了細(xì)胞死亡?為此,作者對(duì)F-Actin進(jìn)行了免疫熒光染色觀察,發(fā)現(xiàn)在葡萄糖饑餓條件下F-Actin調(diào)控的細(xì)胞骨架顯著收縮且與細(xì)胞膜分離;而敲除SLC7A11、同時(shí)進(jìn)行葡萄糖和胱氨酸饑餓處理、添加2DG均能回復(fù)收縮表型,但ROS清除劑無效,與之前的結(jié)果一致。該表型也與雙硫死亡時(shí)的細(xì)胞表型同步。(圖4)

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圖4

3.Rac-WRC(WAVE調(diào)節(jié)復(fù)合物)調(diào)控雙硫死亡

為了深入探究葡萄糖饑餓和SLC7A11高表達(dá)引起F-Actin收縮的具體機(jī)制,作者對(duì)葡萄糖充足/饑餓條件下的SLC7A11過表達(dá)細(xì)胞進(jìn)行了CRISPR/Cas9篩選。結(jié)果顯示除了SLC7A11、SLC3A2之外,多個(gè)與線粒體氧化磷酸化及WAVE調(diào)節(jié)復(fù)合物相關(guān)的sgRNA富集。WAVE調(diào)節(jié)復(fù)合物(WRC)促進(jìn)actin多聚化和板狀偽足形成,與細(xì)胞骨架調(diào)控密切相關(guān)。而WRC中的關(guān)鍵蛋白NCKAP1、WAVE2的體外實(shí)驗(yàn)證實(shí)其能夠調(diào)控雙硫死亡。Rac是WRC的上游激活因子,體外實(shí)驗(yàn)表明Rac1的活化形式促進(jìn)雙硫死亡。(圖5)

以上結(jié)果均證實(shí),葡萄糖饑餓條件下,SLC7A11高表達(dá)細(xì)胞中Rac-WRC調(diào)控的骨架蛋白變化促進(jìn)雙硫死亡發(fā)生。

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圖5

第四步:證明葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)和雙硫死亡的關(guān)系

既然雙硫死亡是在葡萄糖饑餓條件下發(fā)生,那么阻斷葡萄糖攝取是否與此等價(jià)?為此,作者使用葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(GLUT)抑制劑BAY和KL分別進(jìn)行處理,并檢測(cè)不同細(xì)胞程序性死亡抑制劑的效果,發(fā)現(xiàn)獲得的結(jié)果與葡萄糖饑餓條件下的相同。同樣,Actin相關(guān)蛋白的二硫鍵形成和F-actin收縮均與葡萄糖饑餓時(shí)相同。最后的體內(nèi)實(shí)驗(yàn)表明,GLUT抑制劑能有效促進(jìn)雙硫死亡,抑制PDX腫瘤生長(zhǎng),但僅限于SLC7A11高表達(dá)腫瘤細(xì)胞,對(duì)SLC7A11低表達(dá)腫瘤無效。

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圖6

總結(jié)
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本文的開始來源于觀察到的一個(gè)現(xiàn)象,即SLC7A11調(diào)控的胱氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)能夠抑制鐵死亡的發(fā)生,但卻不能阻止葡萄糖缺乏條件下的細(xì)胞死亡。為了研究這種特殊的死亡現(xiàn)象,作者利用不同死亡方式的抑制劑進(jìn)行葡萄糖充足/饑餓條件下的處理,將現(xiàn)象更加細(xì)化,即SLC7A11高表達(dá)細(xì)胞在葡萄糖饑餓條件下,才會(huì)經(jīng)歷不同于目前已知細(xì)胞死亡方式的死亡過程。

在定義和證明這種新型死亡的過程中,作者聯(lián)系并推測(cè)以胱氨酸為代表的二硫鍵的作用,以及通過蛋白質(zhì)組學(xué)和CRISPR篩選最終鎖定了其中的分子機(jī)制。這一過程少不了對(duì)目標(biāo)分子功能和細(xì)胞內(nèi)代謝途徑的深入理解,以及對(duì)大數(shù)據(jù)結(jié)果的篩選經(jīng)驗(yàn)。

“雙硫死亡”究竟是否會(huì)成為下一個(gè)研究熱點(diǎn)和腫瘤治療潛在靶點(diǎn)呢?讓我們拭目以待!

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雙硫死亡分子機(jī)制示意圖

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