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大家好，今天和大家分享的題為he prognostic value of tumor mutation burden(TMB) and its relationship with immune infiltration生信蛋加in breast cancer patients（腫瘤突變負(fù)荷（TMB）的預(yù)后價(jià)值及其與免疫浸潤(rùn)的關(guān)系生信蛋加癌癥患者）人類腫瘤具有不同數(shù)量的體細(xì)胞突變，統(tǒng)稱為腫瘤突變負(fù)荷 (Tumor muta tional burden, TMB)。評(píng)估TMB狀態(tài)是預(yù)測(cè)患者預(yù)后和治療獲益的方法之一。 01 研究背景 盡管腫瘤突變負(fù)荷（TMB）作為各種癌癥免疫治療的生物標(biāo)志物被報(bào)道，但它能否有效預(yù)測(cè)乳腺癌患者的生存預(yù)后仍不清楚。本研究采用多組研究探討TMB的預(yù)后價(jià)值及其與免疫浸潤(rùn)的相關(guān)性。 從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取986例乳腺癌患者的體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)。乳腺癌患者根據(jù)TMB評(píng)分的四分位數(shù)分為低TMB組和高TMB組。差異表達(dá)基因（DEGs）由“l(fā)imma”R程序鑒定。利用CIBERSORT算法估計(jì)每個(gè)樣品的免疫細(xì)胞分?jǐn)?shù)。利用TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)評(píng)估免疫基因CNV與腫瘤免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的關(guān)系及乳腺癌免疫細(xì)胞的預(yù)后價(jià)值。 見圖一 乳腺癌樣本中的突變譜。  圖一 A 乳腺癌樣本的突變景觀圖。 B 乳腺癌樣本中的變異分類、變異類型和 SNV 類別。 C 突變基因之間的排他性和共生性。SNP單核苷酸多態(tài)性;SNV 單核苷酸變體。 見圖二 TMB評(píng)分的預(yù)后價(jià)值及其與臨床病理特征的相關(guān)性。  圖二 A 低TMB組和高TMB組的生存曲線。 B TMB與臨床病理特征的相關(guān)性。TMB，腫瘤突變負(fù)荷。 見圖三 低TMB組和高TMB組之間基因表達(dá)譜的比較。   圖三 A 前 40 個(gè) DEG 顯示在熱圖圖中。 B，C GO分析的豐度條形圖和點(diǎn)圖。 D， E 豐度條形圖和點(diǎn)圖顯示 KEGG 分析結(jié)果。F GSEA結(jié)果顯示，免疫相關(guān)的[刺猬，TGF-b，GnRH mTOR和MAPK]信號(hào)通路在低水平TMB組中富集。DEG，差異表達(dá)基因;TMB，腫瘤突變負(fù)擔(dān)。 見圖四 低TMB和高TMB組的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)和免疫相關(guān)DEGs分析。  圖四 A 每個(gè)樣本中22種免疫細(xì)胞亞型的相對(duì)百分比用直方圖描述。 B 小提琴圖顯示了低TMB組和高TMB組之間免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的比較。綠色表示低TMB組，紅色表示高TMB組。 C 使用維恩圖鑒定了<>個(gè)與免疫相關(guān)的DEG。 見圖五 免疫相關(guān)基因的生存預(yù)后。  圖五 A、B CCL18和TRGC1免疫基因存活曲線顯示低表達(dá)組預(yù)后良好。 C 高危組與生存率低有關(guān)。D ROC曲線證實(shí)了風(fēng)險(xiǎn)生存曲線的可靠性（AUC = 0.610）。 見圖六 免疫基因CNV與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性。  圖六 A 手臂水平的增益可能抑制免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)。 B 生存曲線比較免疫細(xì)胞浸潤(rùn)程度高和低的患者的預(yù)后。低B細(xì)胞組對(duì)應(yīng)于乳腺癌患者的生存預(yù)后不良。*， p < 0.05;**， p < 0.01;， p < 0.001。 02 研究結(jié)論 這項(xiàng)研究表明，TMB可能是預(yù)測(cè)乳腺癌患者免疫治療總生存期的生物標(biāo)志物。它也與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)有關(guān)。值得注意的是，高TMB評(píng)分與乳腺癌患者的生存率降低相關(guān)。CCL18是乳腺癌中的重要基因，CCL18的CNV可以減少免疫細(xì)胞浸潤(rùn)。此外，低B細(xì)胞浸潤(rùn)與乳腺癌患者的不良生存預(yù)后相關(guān)。 好了，今天的文獻(xiàn)解讀就到這兒來，我們下期再見！如果你正在開展臨床研究.需要方案設(shè)計(jì).數(shù)據(jù)管理. 數(shù)據(jù)分析等支持.也隨時(shí)可以聯(lián)系我們。 |
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