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手把手教學(xué)——Trizol法和柱式法RNA提取的實驗流程和注意事項

 小夢想在努力 2024-03-13 發(fā)布于北京

(一)Trizol法

一、 實驗原理

Trizol是一種酸性試劑,能從細胞和組織中快速分離RNA,其主要成分為異硫氰酸胍(GITC)和苯酚。裂解細胞后,GITC能使蛋白質(zhì)和RNase變性,有利于保護RNA的完整性;加入氯仿離心后,樣品分為水相和有機相,RNA存在于上層水相中,而DNA和蛋白質(zhì)則存在于中間層及下層有機相中,從而達到分離的目的。簡單來講就是裂解細胞使RNA得以釋放,加之有機溶劑使RNA與DNA、蛋白質(zhì)分離,并進一步純化得到RNA的過程。

二、 主要的試劑、儀器與耗材

Trizol試劑、氯仿、異丙醇、75%乙醇、RNase free Water、低溫冷凍離心機、勻漿器或組織研磨器、渦旋振蕩器、金屬浴、微量移液器、通風櫥、計時器、1.5ml EP管等。

三、 提取步驟

1.樣品的制備

1)細胞:按1ml Trizol試劑/5-10×10^6細胞的比例加入Trizol試劑(注:一般來講待細胞在六孔板上生長至80%左右時,每孔收集的細胞加1ml Trizol即可);

2)組織:按1ml Trizol試劑/50-100mg組織的比例加入Trizol試劑并在冰上勻漿處理,以利于RNA的釋放(注:組織可以先用液氮急凍后研磨處理,也可用勻漿器或者組織研磨器進行處理,但要注意保持低溫,以防RNA降解);

室溫裂解5-10min。

2.氯仿抽提

每1ml Trizol中加入200ul的氯仿,蓋好EP管蓋后用手劇烈顛倒混勻15s左右,室溫孵育2-3min。2-8℃,12000g離心15min后溶液分為三層,從上到下依次為水相(RNA)、中間層及有機相(DNA、蛋白質(zhì)等),轉(zhuǎn)移水相至新的EP管中(注:此步一定要小心謹慎,慢慢吸取,不可觸及中間層,以免RNA被污染)。

3.異丙醇沉淀

每1ml Trizol中加入500ul異丙醇,上下顛倒混勻后,室溫孵育10min,2-8℃,12000g離心10min,得到的白色沉淀即為RNA沉淀(注:異丙醇最好提前預(yù)冷,維持低溫環(huán)境,以防RNA被降解)。

4.乙醇洗滌

棄去上清,加入1ml 75%乙醇(每1ml Trizol)洗滌RNA沉淀,2-8℃,7500g離心5min(注:75%乙醇可以用無水乙醇及無酶水來配制,同樣最好預(yù)冷處理;清洗時動作要輕柔,過于劇烈會導(dǎo)致RNA沉淀散開,再次離心未免會重聚,從而造成RNA的損失)。

5.溶解

棄去上清,于通風櫥內(nèi)干燥RNA沉淀5-10min,用50ul左右的無酶水重懸沉淀,即可得到RNA溶液(注:干燥時間不可過長,太過干燥會導(dǎo)致沉淀很難溶解,部分溶解的RNA的260/280的比值會大大降低,甚至低于1.6;亦可采用金屬浴60℃,5min以助溶)。

6.RNA質(zhì)量的檢測

1)微量分光光度計

純RNA的260/280比值在2.0左右,若比值偏小,則代表可能有蛋白或有機溶劑的污染,比值偏大則代表RNA可能發(fā)生降解。

2)瓊脂糖凝膠電泳

可見三條帶,從上往下一般為28s RNA、18s RNA及5s RNA,一般情況下5s的帶非常淡,甚至看不清,28s帶的亮度應(yīng)為18s帶亮度的2倍,且不存在拖尾,即可證明RNA純度可以,如若5s很明顯,而28s 與18s帶的亮度并無太大差別,甚至出現(xiàn)涂抹狀的條帶則高度提示RNA降解。

(二)柱式法

一、 實驗原理

離心柱法主要是利用離心柱中的硅膠基質(zhì)吸附RNA,再通過洗滌去除雜質(zhì)從而得到RNA的一種常用方法。相較于Trizol法,離心柱法因操作簡便、耗時短、純度高等優(yōu)點而得到廣泛應(yīng)用,但也因其吸附柱規(guī)格的限制在大批量操作時具有一定的局限性,此外,針對特殊的樣本,其提取的效果也大不如Trizol法好。

二、 主要的試劑、儀器與耗材

RNA提取試劑盒、氯仿、無水乙醇、RNase free Water、低溫冷凍離心機、勻漿器或組織研磨器、微量移液器、通風櫥、計時器、1.5ml EP管、2ml EP管等。

三、 提取步驟

1.樣品處理:

  • 細胞:貼壁細胞每106細胞加入1ml裂解液,吹打混勻。

  • 懸浮細胞:植物、動物、酵母每10^6細胞加入1ml裂解液。

  • 細菌細胞每107細胞加入1ml裂解液混勻。

  • 組織:新鮮或-70℃凍存100mg組織加1ml裂解液,勻漿處理。

2.室溫放置5min,使核酸蛋白復(fù)合物完全分離;

3.向勻漿樣品中加入0.2ml的氯仿,蓋好管蓋,劇烈振蕩15s,室溫放置3-5min;

4.2-8℃,12000rpm離心10min。RNA主要存在于上層水相中把水相轉(zhuǎn)移至新的EP管中(注:不可吸到沉淀);

5.吸附柱前處理:在吸附柱中加入500ul洗柱液,室溫放置2min,2-8℃,12000rpm離心2min,棄廢液(小Tips:此步可以在第四步離心還剩2min左右的時候進行,這樣第四步離心結(jié)束就可以直接進行洗柱,而不需要再等時間);

6.在收集的上清中加入200ul無水乙醇混勻,加入吸附柱中靜置2min,2-8℃,12000rpm離心2min,棄廢液;

7.向吸附柱中加入600ul漂洗液(注:新買的試劑盒中漂洗液還需要加入一定量的無水乙醇,此步一定要確認漂洗液是否加入無水乙醇),2-8℃,12000rpm離心2min,棄廢液;

8.向吸附柱中加入600ul漂洗液,2-8℃,12000rpm離心2min,棄廢液(注:漂洗液在7-8步共加了兩次哦);

9.12000rpm離心2min,棄掉收集管,將吸附柱置于室溫數(shù)分鐘(10-15min)以去除殘留的漂洗液(注:最好在通風櫥進行,以免RNA酶對RNA的降解;通風櫥在使用前也可先紫外30min);

10.將吸附柱放入新管中,向膜中央滴加50-100ul RNase free ddH2O(通常取中間值),室溫放置5min,12000rpm室溫離心2min即可得到RNA溶液(注:所有步驟中僅最后一步離心是在室溫,其余均在2-8℃,因此,前幾步離心拿出樣品后一定要及時關(guān)上離心機蓋子,以免升溫,而在第9步離心結(jié)束后就可以打開離心機蓋子使其快速升至室溫)。

四、 注意事項

1.佩戴手套、口罩,消毒操作臺,杜絕外源酶的污染;

2.所用試劑耗材必須無酶化,有條件者可以直接購買,否則就要做好高壓滅菌的工作;

3.得到RNA溶液后可保存于-80℃,避免反復(fù)凍融,放置時間不可過長;
4.對于組織RNA的提取,一定要充分勻漿處理以使RNA充分釋放出來。

本文作者是"夏沫夢鳶"同學(xué),在獲得她的授權(quán)后,實驗老司機將本文發(fā)表于公眾號。

文稿:夏沫夢鳶

校對:煲仔飯

素材:Canva

參考資料:

  • https://images.app./8uRzGGCKKkjyWXrA8


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