約翰五世繼位后，攝政太后薩瓦的安妮和約翰·坎塔庫津爆發(fā)了內(nèi)戰(zhàn)，坎塔庫津獲得勝利并借此成為共治皇帝約翰六世。與此同時，這場內(nèi)戰(zhàn)也助長了奧斯曼以及塞爾維亞人的野心。

在安德羅尼卡三世時期，史蒂芬·杜尚僅僅是侵吞一些雙方的緩沖地帶，但是約翰五世繼位后，杜尚利用帝國內(nèi)戰(zhàn)的機(jī)會時而倒向坎塔庫津，時而又向約翰五世示好，利用拜占庭軍隊自相殘殺的機(jī)會，杜尚攻占了除了薩洛尼卡以外的整個馬其頓地區(qū)，并且攻陷了君士坦丁堡和馬其頓中間最重要的陸上節(jié)點(diǎn)塞雷要塞。

塞雷要塞的淪陷具有重大的歷史意義，現(xiàn)代史學(xué)界往往將塞雷的淪陷和杜尚加冕“羅曼尼亞與塞爾維亞的沙皇”頭銜作為塞爾維亞民族對希臘在巴爾干領(lǐng)土宣稱的起點(diǎn)。

杜尚對拜占庭帝國的征服計劃不同于此前保加利亞的西梅恩和約翰·亞琛，他們是渴望將保加利亞的土地從帝國獨(dú)立出來，建立起一個大斯拉夫帝國，杜尚的計劃則是建立起一個塞爾維亞-希臘普世帝國。

為了達(dá)成這一目標(biāo)，杜尚做的第一件事便是建立起一個獨(dú)立于君士坦丁堡教會的宗教組織。杜尚首先在馬其頓地區(qū)擴(kuò)展了修道院的權(quán)利，并通過文件的形式確定了教會特權(quán)并加以壯大。1346年復(fù)活節(jié)，杜尚在他的首都斯科普里召集了塞爾維亞全部的貴族，塞爾維亞教區(qū)主教、征服的保加利亞和希臘地區(qū)主教、阿索斯圣山修道會首席代表舉行了宗教政治會議，這次會議成立了一個全新的、獨(dú)立于君士坦丁堡牧首區(qū)的塞爾維亞牧首區(qū)（君士坦丁堡牧首區(qū)和羅斯牧首區(qū)均不承認(rèn)該教區(qū)，并將塞爾維亞教區(qū)革除教籍），有塞爾維亞牧首將杜尚加冕為塞爾維亞和羅馬帝國的沙皇。

雖然有傳聞?wù)f杜尚在生命的最后一年組織了一次對君士坦丁堡的遠(yuǎn)征并死在進(jìn)軍途中（僅拉古薩編年史如此記載），但是實(shí)際上杜尚加冕后和拜占庭基本保持了和平，這一情況可能和已經(jīng)進(jìn)入歐洲的土耳其人有關(guān)，依然是封建制的塞爾維亞軍隊打不過土耳其人，所以他們不得不將大量的精力用于防守土耳其人。在希臘和土耳其的史料記載中，1352或者1353年，土耳其軍隊有一次性屠殺一整支塞爾維亞軍隊的記錄。

1355年，一代雄主史蒂芬·杜尚去世，他死后，他那個囊括了很多希臘土地的塞爾維亞帝國瞬間解體，分裂成了很多小的勢力。

史蒂芬·杜尚是斯拉夫人嘗試建立一個以君士坦丁堡為首都的斯拉夫帝國的第三次也是最后一次嘗試。

土耳其人雖然多次試圖渡過博斯普魯斯海峽，但最終都無功而返，而他們真正獲得歐洲的土地，則要和拜占庭帝國的內(nèi)戰(zhàn)掛上關(guān)系。

在約翰六世·坎塔庫津和攝政太后薩瓦的安妮的內(nèi)戰(zhàn)中，為了尋得強(qiáng)援，約翰六世將女兒嫁給了奧爾汗，以換取土耳其人作為盟友出兵支援，他甚至將莫斯科大公傲慢者西蒙遠(yuǎn)道從莫斯科運(yùn)來的重修圣索菲亞大教堂的資金作為嫁妝送給了土耳其人，并允許土耳其人進(jìn)行劫掠。

在內(nèi)戰(zhàn)中土耳其人幾乎將剛剛重建的色雷斯地區(qū)劫掠一空，并在約翰六世統(tǒng)治時期在加里波利半島建立了一些土耳其人的定居點(diǎn)，不過當(dāng)時這些定居點(diǎn)還處于拜占庭的控制之下。在14世紀(jì)50年代初，約翰六世曾經(jīng)試圖通過金錢收購的方式讓土耳其人放棄一個緊鄰加里波利城的定居點(diǎn)吉姆帕，但最后這個計劃也沒了下文。

1354年，地震襲擊了色雷斯南部海岸，加之約翰五世在威尼斯人的支持下進(jìn)攻君士坦丁堡，土耳其人趁機(jī)加固了吉姆帕，并趁機(jī)占據(jù)并修復(fù)了包括加里波利城在內(nèi)的幾個拜占庭因?yàn)榈卣鸱艞壍某鞘?，至此，土耳其人終于在歐洲站穩(wěn)了腳跟。

土耳其人具體進(jìn)入歐洲和占領(lǐng)加里波利城的時間已不可考，但是俄國史學(xué)家沃斯克萊森斯克提出了一個廣為接受的年份考證：在1346年，穆斯林擁有了吉姆帕，在1357年，穆斯林將加里波利城重新建為一座要塞。

獲得加里波利城后，奧爾汗以及他的繼承人穆拉德一世充分利用了希臘以及斯拉夫諸君主的內(nèi)斗，順勢擴(kuò)張自己的領(lǐng)地。穆拉德一世向東獲得了包括亞得里亞堡、菲利普波利斯等靠近君士坦丁堡的要塞，向西則直達(dá)薩洛尼卡，強(qiáng)迫拜占庭皇帝向奧斯曼蘇丹朝貢。為了更好的向歐洲擴(kuò)張，穆拉德一世還將首都遷到了君士坦丁堡隔壁的亞得里亞堡。

穆拉德一世1385年前后開始進(jìn)兵混亂的塞爾維亞和保加利亞。塞爾維亞名義上的君主拉扎爾在1389年夏天率軍和穆拉德一世對陣于科索沃平原。一名塞爾維亞貴族米洛什·奧布里克謊稱自己是逃兵并得以進(jìn)入穆拉德一世帳篷獲得接見，但他用一把帶毒的匕首刺殺了穆拉德一世。穆拉德之子巴耶濟(jì)德一世鎮(zhèn)壓了軍隊的嘩變，并帶領(lǐng)軍隊擊敗了拉扎爾，拉扎爾在被奧斯曼土耳其人俘虜后殺害，雖然塞爾維亞王國的余孽此后還存續(xù)了80多年，但是史學(xué)界一般將1389年視作塞爾維亞王國正式滅亡的時間。

1393年，土耳其軍隊攻占了保加利亞首都特爾沃諾，不久后占領(lǐng)保加利亞全境，保加利亞滅亡。

在科索沃會戰(zhàn)之后，保加利亞滅亡之前，年老多病的約翰五世曾經(jīng)試圖加固君士坦丁堡的防御，但這一情報很快被巴耶濟(jì)德一世掌握，他派人威脅約翰五世，如果不立即拆除君士坦丁堡一切城防工事，他就會刺瞎在土耳其當(dāng)人質(zhì)的約翰五世繼承人曼紐爾的眼睛，乃至殘忍的殺害曼紐爾。約翰五世被迫屈辱的接受了巴耶濟(jì)德一世的要求，他本人也在不久之后去世。

起自安德羅尼卡三世時期的熱那亞和威尼斯之間的戰(zhàn)爭在1348年戛然而止，因?yàn)楹谒啦〉搅恕５谴藭r約翰六世和熱那亞的關(guān)系走向破裂，根源則在于加拉塔每年200000金幣的關(guān)稅中，熱那亞僅分給帝國30000金幣，而此時約翰六世急需資金招募軍隊穩(wěn)固自己的地位。

約翰六世計劃通過海軍奇襲加拉塔，但是這一計劃被熱那亞人知曉，他們在加拉塔的制高點(diǎn)建立了要塞和地堡，準(zhǔn)備以拖待變尋求和平。約翰六世花光了帝國金庫打造的艦隊進(jìn)入金角灣準(zhǔn)備圍困加拉塔，但是此時一場風(fēng)暴摧毀了帝國艦隊，帝國海軍旗幟還被熱那亞人繳獲。約翰六世被迫承認(rèn)了熱那亞人在加拉塔高地新修的那座要塞的合法性。

在黑死病疫情稍好之后，威尼斯、阿拉貢和約翰六世結(jié)為同盟，他們決定摧毀熱那亞在東地中海的貿(mào)易霸權(quán)。最大的一場戰(zhàn)斗于14世紀(jì)60年代在博斯普魯斯海峽爆發(fā)，超過150艘熱那亞、威尼斯、希臘和阿拉貢軍艦參加了戰(zhàn)斗，各方均宣稱自己獲得勝利。隨后因?yàn)閵W斯曼和熱那亞達(dá)成了特殊的友誼，拜占庭被迫和熱那亞和解，將加拉塔地區(qū)的所有土地都租借給了熱那亞人。

特內(nèi)多斯島是愛琴海少數(shù)仍受控于皇帝的島嶼，也是在馬爾馬拉海兩岸都被土耳其控制后，制約土耳其進(jìn)入愛琴海的一個關(guān)鍵島嶼，所以威尼斯人經(jīng)過與約翰五世長期的協(xié)商，最終獲得了該島的經(jīng)營權(quán)。熱那亞人無法容忍威尼斯獲得特內(nèi)多斯島，因?yàn)檫@樣他們前往黑海的商路將被威尼斯制約，于是1376年他們在君士坦丁堡組織了一場政變，廢黜了約翰五世，將其不受寵的長子安德羅尼卡四世扶上皇位。但是三年后約翰五世越獄成功，并在威尼斯和奧斯曼的支持下恢復(fù)了皇位。

漫長的戰(zhàn)爭耗光了威尼斯和熱那亞的家底，也極大地影響了地中海-黑海貿(mào)易航線沿岸的國家，最終1381年兩國在薩伏伊的都靈簽署了和約，宣告這場數(shù)十年的戰(zhàn)爭正式終結(jié)。威尼斯將撤出特內(nèi)多斯島，這座島嶼的要塞將被拆除，薩伏伊公爵將以巴列奧略家族近親屬的關(guān)系（安德羅尼卡三世妻子、約翰五世的母親出自薩瓦家族）托管此島。而熱那亞作為交換則會開放頓河河口的塔納城供威尼斯人進(jìn)行黑海貿(mào)易。