約翰五世去世時(shí)，曼紐爾二世正在巴耶濟(jì)德一世的宮廷里當(dāng)人質(zhì)，而且巴耶濟(jì)德一世擔(dān)心曼紐爾在希臘人民中的聲望，準(zhǔn)備除掉他。曼紐爾最終逃出亞得里亞堡回到了君士坦丁堡，隨后巴耶濟(jì)德的使者借祝賀的名義送來威脅

如果你愿意執(zhí)行我的命令，就把城門關(guān)上，在城內(nèi)進(jìn)行統(tǒng)治，而城外的一切都屬于我。

邁克爾·杜卡斯《拜占庭史》

而巴耶濟(jì)德之所以仁慈的不攻取君士坦丁堡，僅僅是因?yàn)橥炼淙诉€沒有一支可以切斷君士坦丁堡海路運(yùn)輸?shù)暮＼?。此后君士坦丁堡幾乎淪為土耳其人的仆從國，最典型的例子便是1392年巴耶濟(jì)德組織了一次針對(duì)錫諾普的海上征服，皇帝曼紐爾被任命為土耳其艦隊(duì)名義上的將軍。

雷霆巴耶濟(jì)德一世

巴耶濟(jì)德為了讓君士坦丁堡乖乖聽話，試圖控制君士坦丁堡的貨物進(jìn)出通道，用饑餓和物資匱乏將拜占庭馴化成一條聽話的狗。但是這一舉措迫使曼紐爾轉(zhuǎn)向西方，為了保衛(wèi)自己在愛琴海的殖民地，熱那亞和威尼斯開始向君士坦丁堡輸送物資，包括谷物和柴火。

土耳其征服了幾乎整個(gè)塞爾維亞和保加利亞，并和匈牙利接壤，匈牙利國王西吉斯蒙德感受到巨大的壓力，于是開始向歐洲各國尋求支援。法國對(duì)這次十字軍相應(yīng)熱烈，勃艮第公爵率領(lǐng)一支精銳的法蘭西騎士前來參加，另外還有包括威尼斯人、德意志和意大利各諸侯在內(nèi)的龐大響應(yīng)。另外曼紐爾也承諾會(huì)負(fù)擔(dān)一部分十字軍軍費(fèi)。

不過這支十字軍在尼科波利斯遭遇慘敗，大量士兵和貴族被俘，西吉斯蒙德只身搭乘一艘小船沿多瑙河進(jìn)入黑海抵達(dá)君士坦丁堡，再借道愛琴海返回故土。

為了懲罰支持十字軍的拜占庭帝國，巴耶濟(jì)德準(zhǔn)備摧毀一切可能使被包圍的君士坦丁堡獲得幫助的地區(qū)，包括已經(jīng)實(shí)際上臣服奧斯曼的色薩利地區(qū)。隨后一支土耳其軍隊(duì)蹂躪了由曼紐爾兄弟統(tǒng)治的伯羅奔尼撒半島，君士坦丁堡實(shí)際上已經(jīng)成為孤城。

曼紐爾意識(shí)到他無力獨(dú)自戰(zhàn)勝土耳其，開始向西歐各個(gè)君主以及莫斯科大公求援。莫斯科大公送來了一些資金，法王則派馬歇爾·布奇科率領(lǐng)1200名武裝士兵趕往君士坦丁堡，而其他的英格蘭、阿拉貢國王和教宗則回信表示支持。

馬歇爾·布奇科是那個(gè)時(shí)代極富傳奇色彩的一個(gè)冒險(xiǎn)家，據(jù)說他曾游歷整個(gè)近東并在埃及被馬穆魯克俘虜，越獄成功后他又參加了西吉斯蒙德的十字軍，戰(zhàn)敗被俘后幸運(yùn)的逃脫了死神并被贖回，最終成為了法王遠(yuǎn)征軍的指揮官。

雖然巴耶濟(jì)德很早便注意到了布奇科的艦隊(duì)，但是幸運(yùn)的布奇科還是闖過了土耳其人的封鎖抵達(dá)君士坦丁堡。雖然他率領(lǐng)遠(yuǎn)征軍擊敗了幾次土耳其人，但是自身的傷亡也不小，所以布奇科決定撤回法國。布奇科認(rèn)為這種一千人上下小規(guī)模的軍事行動(dòng)并不足以扭轉(zhuǎn)對(duì)土耳其的戰(zhàn)局，轉(zhuǎn)而說服曼紐爾和他一起前往西歐，以獲取更大程度的支持。

1399年下半年，曼紐爾在布奇科和一位神父的陪伴下啟程前往威尼斯，他的外甥約翰監(jiān)國。

出訪的第一站威尼斯雖然很高規(guī)格的接待了曼紐爾，并向他抵抗異教徒的行為致以最大的敬意，但是考慮到自身在東地中海的商業(yè)利益，威尼斯人并未答應(yīng)給拜占庭援助。此后教宗、熱那亞也僅僅是給予了高規(guī)格的接待和口頭上的支持。米蘭公爵雖然承諾出兵，但是不久之后米蘭公國就陷入內(nèi)亂，這個(gè)承諾也就無果而終。

曼紐爾之后前往巴黎，此時(shí)英法處于百年戰(zhàn)爭(zhēng)中短暫的休戰(zhàn)期，所以法王的御前會(huì)議決定支持拜占庭，再提供一些武裝軍人，仍然由布奇科率領(lǐng)。在巴黎逗留四個(gè)月后，曼紐爾抵達(dá)倫敦，英王承諾會(huì)給予拜占庭一些戰(zhàn)士、長(zhǎng)弓兵和資金，但是英法兩國的承諾都隨著百年戰(zhàn)爭(zhēng)的再次爆發(fā)無果而終。在倫敦逗留2月后，曼紐爾再次回到巴黎并住了接近兩年的時(shí)間，這段時(shí)間他是否取得了什么外交成果并沒有史料可以證明。最終曼紐爾在得知安卡拉戰(zhàn)役之后結(jié)束了他長(zhǎng)達(dá)三年半的訪問之旅，回到了君士坦丁堡。

1402年7月，帖木兒在安卡拉打敗并俘虜了巴耶濟(jì)德一世。這個(gè)堪稱可以改變世界歷史進(jìn)程的戰(zhàn)果僅花了兩個(gè)半月就從亞洲傳到了巴黎，曼紐爾發(fā)覺這是一個(gè)不可錯(cuò)過的機(jī)會(huì)，于是在熱那亞和威尼斯商人的幫助下很快回到了君士坦丁堡。曼紐爾的出訪毫無成果可言，但是安卡拉戰(zhàn)役土耳其人的慘敗又為這個(gè)瀕臨滅亡的帝國續(xù)上了50年的壽命，雖然此時(shí)帝國僅剩下君士坦丁堡、薩洛尼卡以及伯羅奔尼撒半島。

為了在帝國首都以外最重要的地區(qū)建立一個(gè)抵抗土耳其人的堡壘，曼紐爾將他的次子狄奧多勒封為莫里亞親王，作為總督駐蹕在舊斯巴達(dá)城米斯特拉。

1415年，曼紐爾巡視伯羅奔尼撒半島，并策劃了利用安卡拉戰(zhàn)役后土耳其衰弱的機(jī)會(huì)興修防御工事，最主要的便是利用公元前5世紀(jì)防御薛西斯的土墻遺址沿著柯林斯地峽修建起一條防線。

與此同時(shí)，社會(huì)學(xué)家吉米斯圖斯·普勒桑先后致信狄奧多勒和曼紐爾，希望在伯羅奔尼撒地區(qū)進(jìn)行社會(huì)改革。他主張將社會(huì)分為皇帝之下的三個(gè)等級(jí)：管理社會(huì)安全的人、提供生產(chǎn)工具的人和土地耕作者，廢除土地私有權(quán)，建立起一支希臘民族的軍隊(duì)，向士兵免稅。

曼紐爾和巴耶濟(jì)德之子穆罕默德一世之間保持了相當(dāng)文明的克制，兩人曾各自駕船在海上會(huì)面并互贈(zèng)食物。不過這種和平很快隨著曼紐爾的老邁和穆罕默德的死而結(jié)束。

晚年的曼紐爾不理朝政，將國事交給了兒子約翰。約翰在穆罕默德死后的土耳其內(nèi)亂中堅(jiān)定地支持了另一位覬覦者，觸怒了穆拉德二世。穩(wěn)固了蘇丹寶座的穆拉德二世于1422年包圍君士坦丁堡，準(zhǔn)備攻下這座世界渴望之城。

土耳其軍隊(duì)雖然沒有攻下君士坦丁堡和薩洛尼卡，不過成功的越過了柯林斯地峽，摧毀了修建不久的防御工事，劫掠了伯羅奔尼撒半島，拜占庭被迫向蘇丹求和，獻(xiàn)上了一批貢品和君士坦丁堡城外的一些村莊，又換取了30年茍延殘喘。