MicrobiomeStatPlot | 分面排序堆疊柱狀圖教程Faceted sorted stack bar plot.根際和內(nèi)生菌群的細(xì)菌負(fù)荷隨著植物的發(fā)育呈現(xiàn)增加趨勢，1-14天的細(xì)菌豐度相當(dāng)（根際5.8×109 拷貝/g，內(nèi)生菌群1.5×108 拷貝/g），但逐漸增加并在第72天達(dá)到最高豐度（根際2.3×1010 拷貝/g，內(nèi)生菌群4.7×109拷貝/g）（圖3，補(bǔ)充圖6）。

MPB | 揚(yáng)大林淼組-?瘤胃混合細(xì)菌連續(xù)傳代培養(yǎng)技術(shù)。摘要：反芻動物瘤胃是一個復(fù)雜的微生物共生生態(tài)系統(tǒng)，瘤胃中的微生物種類繁多、數(shù)量巨大，包括原蟲（主要為纖毛蟲）、細(xì)菌及部分厭氧真菌和少量侵害發(fā)酵有機(jī)體的噬菌體、病毒等，絕大部分屬厭氧菌。瘤胃厭氧細(xì)菌不僅能夠促進(jìn)瘤胃的發(fā)酵，為宿主提供生命所需的能量、蛋白質(zhì)、氨基酸和維生素等營養(yǎng)成分，還能夠幫助反芻動物更好地利用纖維類飼料。材料與試劑。刃天青溶液：

MicrobiomeStatPlot | 誤差棒點(diǎn)圖教程Error bar plot tutorial.

3.3焦磷酸鈉處理法：真菌群落主坐標(biāo)分析過程中（如圖2B），原始土壤樣品相對和攪拌器處理組樣品相對聚集于分析圖右側(cè)，其余三組樣品分散于分析圖左側(cè)，表明和其他三組樣品相比，使用攪拌器的物理分散法對土壤真菌菌落的影響較小。攪拌器處理組對土壤分散能力明顯高于超聲波處理，其處理后所得樣品的細(xì)菌、真菌多樣性雖與超聲波處理組無明顯差異(Lindahl et al.,1995; Priemé et al.,1996)，但其真菌群落結(jié)構(gòu)與原始土壤最為接近。

這里實(shí)現(xiàn)兩種類型對象數(shù)據(jù)進(jìn)行Spearman相關(guān)性檢驗(yàn)，并通過篩選符合條件的r和p值數(shù)據(jù)，利用Edge Bundling圖展示正負(fù)相關(guān)性，通過連線的粗細(xì)展示相關(guān)性的強(qiáng)弱。

MPB | 白酒酒醅非破壞性連續(xù)采集與核酸提取。本方法以濃香型白酒發(fā)酵過程為例，采用酒醅專用取樣器完成酒醅發(fā)酵過程樣品的非破壞性連續(xù)采集，以及酒醅宏基因組的提取及保存。提取得到的基因組滿足宏基因組測序要求，對研究白酒發(fā)酵過程微生物多樣性及功能有重要價值。氯仿 (國藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司，中國，分析純)以濃香型白酒發(fā)酵過程為例，發(fā)酵0、2、4、6、8、10、15、20、25、30、40、50、60天取樣，每個點(diǎn)取50 g樣品。

MPB | 湖南師大尹佳組-抑菌圈和藥敏實(shí)驗(yàn)研究益生菌拮抗病原菌和抗生素敏感性的方法。本文結(jié)合了本實(shí)驗(yàn)室抑菌圈實(shí)驗(yàn)和藥敏實(shí)驗(yàn)的經(jīng)驗(yàn)，介紹了抑菌圈和藥敏實(shí)驗(yàn)研究益生菌拮抗病原菌和抗生素敏感性的方法，并介紹了實(shí)驗(yàn)前待測菌和受試菌的培養(yǎng)以及菌液的制備等方法。測量抑菌圈直徑時以肉眼觀察無明顯生長的地區(qū)作為抑菌圈邊緣（以圖1中1號和6號待測菌的抑菌圈為例，圈出的區(qū)域?yàn)橐志吘墸糜螛?biāo)卡尺或直尺量取即可。

MPB：華南農(nóng)大王文策組-?水禽腸道食糜微生物脂多糖含量的檢測。引用格式：夏戴陽, 楊琳, 朱勇文, 王文策. (2021). 水禽腸道食糜微生物脂多糖含量的檢測. // 微生物組實(shí)驗(yàn)手冊. Bio-101: e2003747. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003747.本實(shí)驗(yàn)利用酶聯(lián)免疫吸附法測定食糜中LPS含量，將LPS抗原吸附在固相載體表面，使酶標(biāo)記的抗原抗體反應(yīng)在固相表面進(jìn)行，最終通過熒光顯色反應(yīng)，利用呈色的深淺進(jìn)行定量分析。

MicrobiomeStatPlot | 因果中介分析Causal mediation analysis.2.因果中介分析 因果中介分析可以在暴露-中介交互作用存在時，基于潛在結(jié)果框架，將總暴露效應(yīng)分解為因果直接影響和間接影響。因果效應(yīng)定義的一個優(yōu)勢是它是非參數(shù)的，因此可以應(yīng)用于任何類型的中介模型以得出因果效應(yīng)估計(jì)，包括具有暴露-中介交互作用和具有非連續(xù)中介變量或非連續(xù)結(jié)果變量的模型等。

MPB | 南農(nóng)韋中組-??根際細(xì)菌產(chǎn)鐵載體能力的高通量檢測。為了在一定程度上消除這些背景值對CAS法檢測結(jié)果的影響，按方法中所述，在對所有菌株檢測的過程中增加了兩株已知高產(chǎn)鐵載體菌株和它們對應(yīng)的鐵載體缺陷型突變體的CAS檢測，在限鐵條件下培養(yǎng)48 h后這四株菌的上清液的CAS檢測結(jié)果如圖6A，兩株野生型菌株的鐵載體產(chǎn)量均在0.75以上，而它們對應(yīng)的兩株相同基因型的突變菌株雖然都不產(chǎn)鐵載體，但CAS檢測值卻仍分別有0.29和0.26。

MicrobiomeStatPlot | 氣泡圖教程Bubble plot tutorial.為了更好地顯示每個病毒家族的變化，根據(jù)每個時間點(diǎn)VLP富集物的平均相對豐度，將病毒家族分為三組（即最大平均相對豐度≤1%（左，n=12，紅色），最大平均相對豐富度>1%和<40%（中，n=11，淺綠色），最大相對豐度≥40%（右，n=2，深綠色））。當(dāng)在大量宏基因組中檢查這25個病毒家族時，檢測到21個家族，占5990個大量宏基因組病毒豐度的99%以上。

MicrobiomeStatPlot | 矩形樹圖教程Block Treemap tutorial.矩形樹圖由一組矩形組成，這些矩形代表數(shù)據(jù)中的不同類別，其大小由與各自類別相關(guān)的數(shù)值定義。樹狀圖（treemap）將分層數(shù)據(jù)顯示為一組嵌套矩形。此處參考Yunyun Gao, Danyi Li, Yong-Xin Liu, Microbiome research outlook: past, present, and future, Protein &Cell, 2023, pwad031,https://doi.org/10.1093/procel/pwad031. 繪制矩形樹圖用到數(shù)據(jù)和代碼來自于該文獻(xiàn)。

MicrobiomeStatPlot | 蜂窩圖教程Hexbin Plot.蜂窩圖適用于以下情況：1.高密度數(shù)據(jù)，當(dāng)數(shù)據(jù)點(diǎn)在特定區(qū)域內(nèi)非常密集時，蜂窩圖能夠更好地反映這些密集區(qū)域的數(shù)據(jù)趨勢；

MicrobiomeStatPlot | 關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘教程Association rule minning.兩種主要的關(guān)聯(lián)規(guī)則算法包括Apriori算法和FP-growth算法。常用關(guān)聯(lián)規(guī)則算法 ：Apriori算法(Apriori algorithm) -算法原理(Algorithm principle) Apriori算法是一種常用的關(guān)聯(lián)規(guī)則算法，它通過掃描數(shù)據(jù)集多次，從而找到頻繁項(xiàng)集。FP-growth算法(FP-growth algorithm) -算法原理(Algorithm principle) FP-growth算法是一種基于樹的算法，與Apriori算法不同。

MicrobiomeStatPlot | 雷達(dá)圖教程Ladar plot tutorial.

MicrobiomeStatPlot | 核密度圖教程Kernal density plot tutorial.核密度圖（Kernel Density Plot）是一種用于估計(jì)數(shù)據(jù)分布的圖形工具，它通過平滑數(shù)據(jù)點(diǎn)生成一個連續(xù)的概率密度函數(shù)，從而顯示數(shù)據(jù)的分布情況。核密度估計(jì)是基于核函數(shù)（通常是高斯核函數(shù)）計(jì)算的，核函數(shù)會在每個數(shù)據(jù)點(diǎn)周圍放置一個平滑的曲線，然后將這些曲線相加得到整體的密度估計(jì)。

db-RDA將主坐標(biāo)分析(PCoA)計(jì)算的樣方得分矩陣應(yīng)用在RDA中，其好處是可以基于任意一種距離測度進(jìn)行RDA排序，因此db-RDA在生態(tài)學(xué)統(tǒng)計(jì)分析中被廣泛使用。db-RDA首先基于物種多度數(shù)據(jù)計(jì)算相異矩陣，作為PCoA的輸入，之后將所有PCoA排序軸上的樣方得分矩陣用于執(zhí)行RDA，而不再使用原始的物種數(shù)據(jù)以及解釋變量直接作為RDA的輸入。

從第7-24天，隨著Methanosarcina的富集和產(chǎn)甲烷酶活性的增加，連續(xù)產(chǎn)生的乙酸驅(qū)動的產(chǎn)甲烷途徑轉(zhuǎn)變?yōu)闅錉I養(yǎng)型與乙酸營養(yǎng)型協(xié)同。進(jìn)一步定位產(chǎn)乙酸關(guān)鍵基因。b）耗H2基因豐度，c）產(chǎn)H2基因豐度；而在AD中后期，Limosilactobacillus重建了以unclassified_Bacteroidales為主的細(xì)菌群落，驅(qū)動產(chǎn)VFA途徑演替為琥珀酸和亮氨酸代謝，并在ackA和乙酸激酶調(diào)控下持續(xù)產(chǎn)生乙酸，促使產(chǎn)CH4途徑轉(zhuǎn)變?yōu)闅錉I養(yǎng)型與乙酸營養(yǎng)型協(xié)同。